Analysis of Transcriptome Sequencing and MYB Transcription Factor Family in <i>Rhododendron lapponicum</i>
Notice bibliographique
Résumé
MYB transcription factor is the largest family of transcription factors in plants, and they are involved in the regulation of plant growth and development, secondary metabolism, adversity stress and other biological processes. So far, there is no the study on the MYB transcription factor of Rhododendron lapponicum . In this study, the Rhododendron lapponicum variety ‘Fuli Jinling’ transcriptome was generated by SMRT sequencing technology. A total of 15.37 Gb data was obtained, and 75 002 transcript sequences were obtained by removing redundancy. 71 155, 33 653 and 30 359 transcripts were assigned to the Nr, GO and COG databases, respectively. Based on the transcriptome sequencing data, 64 transcription factor gene families were identified, including 220 MYB genes. According to the structural characteristics, the MYB gene is divided into four categories, including 1R-MYB, R2R3-MYB, R1R2R3-MYB and 4R-MYB. The amino acid sequence of MYB transcription factor contains 20 conserved elements. Phylogenetic analysis showed that the MYB genes of Rhododendron lapponicum could be divided into 28 subclasses. In this study, we first used SMRT sequencing technology to generate the Rhododendron lapponicum transcriptome. In this study, single molecule real time (SMRT) technology was used to sequence the transcriptome of the Rhododendron lapponicum variety 'Fuli Jinling', and the obtained transcript sequences were functionally annotated and classified, and 220 MYB genes for bioinformatics analysis, these related results have certain reference significance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».