Distinct epidemiological profiles of porcine circovirus 3 and fox circovirus in Canadian foxes (Vulpes spp.)
Notice bibliographique
Résumé
Circoviruses (genus Circovirus, family Circoviridae) are ssDNA viruses that infect mammals, and they sometimes can transmit among different species. We investigated the distribution and diversity of porcine circovirus 3 (PCV-3, species Porcine circovirus 3) and fox circovirus (species Canine circovirus 1) in different populations of foxes (Vulpes spp.) inhabiting the Canadian province of Newfoundland and Labrador to compare their epidemiological profiles. Of the 210 samples tested in this study 9 were positive for PCV-3 and 99 were positive for fox circovirus. Eight foxes were PCV-3-positive (8/128, 6.3%) and the virus was only found in the most human-populated areas. The PCV-3 positivity rate was significantly higher in stool (7/180, 8.8%) than in spleen (2/120, 1.7%: p < 0.05). Phylogenetic analyses showed that sequences from different animals were unrelated to each other. Fox circovirus was identified in 66 animals (51.6%) and positivity rates were the highest in the least human-populated areas. There were no significant differences between positivity rates in stool (32/80, 40.0%), spleen (59/120, 49.2%), or lymph nodes (8/10, 80.0%). Among 54 positive animals for which both spleen and stool samples were available, 25 (46.3%) had detectable virus in both samples. All fox circovirus sequences recovered in this study formed a monophyletic clade, and no geographic segregation of study strains was observed. The high prevalence and high genetic diversity observed for fox circovirus implies that the virus has been circulating in this population for a long time. PCV-3 cases were consistent with sporadic infections from multiple sources, possibly related to scavenging behavior and consumption of meat by-products and human waste, while fox circovirus was endemic, indicating that foxes are likely the maintenance host for this virus. To the best of our knowledge this is the first study demonstrating the presence of fox circovirus in North America and to show that PCV-3 can be detected in foxes. Future studies should evaluate the pathogenic potential of these viruses for wildlife.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».