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Enregistrement W4294344004 · doi:10.1101/2022.08.30.505962

Knockout of <i>ykcB</i> , a putative glycosyltransferase, leads to vancomycin resistance in <i>Bacillus subtilis</i>

2022· preprint· en· W4294344004 sur OpenAlexfundno aff
Kazuya Ishikawa, Riko Shirakawa, Daiki Takano, Tomoki Kosaki, Kazuyuki Furuta, Chikara Kaito

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial biofilms and quorum sensing
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesJapan Society for the Promotion of ScienceInstitute of GeneticsRyobi Teien Memory FoundationIchiro Kanehara Foundation for the Promotion of Medical Sciences and Medical CareTakeda Science Foundation
Mots-clésBacillus subtilisMicrobiologyVancomycinBacteriaBiologyMutantGene knockoutEnterococcus faeciumBiofilmOperonAntibioticsStaphylococcus aureusGeneBiochemistryGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Vancomycin resistance of gram-positive bacteria poses a serious health concern around the world. In this study, we searched for vancomycin-resistant mutants from a gene deletion library of a model gram-positive bacterium, Bacillus subtilis , to elucidate the mechanism of vancomycin resistance. We found that knockout of ykcB , a glycosyltransferase that is expected to utilize C55-P-glucose to glycosylate cell surface components, caused vancomycin resistance in B. subtilis . Knockout of ykcB altered the susceptibility to multiple antibiotics, including sensitization to β-lactams, and increased the pathogenicity to silkworms. Furthermore, the ykcB -knockout mutant had: i) an increased content of diglucosyl diacylglycerol, a glycolipid that shares a precursor with C55-P-glucose, ii) a decreased amount of lipoteichoic acid, and iii) decreased biofilm formation ability. These phenotypes and vancomycin resistance were abolished by knockout of ykcC , a ykcB -operon partner involved in C55-P-glucose synthesis. Overexpression of ykcC enhanced vancomycin resistance in both wild-type B. subtilis and the ykcB -knockout mutant. These findings suggest that ykcB deficiency induces structural changes of cell surface molecules depending on the ykcC function, leading to resistance to vancomycin, decreased biofilm formation ability, and increased pathogenicity to silkworms. IMPORTANCE Although vancomycin is effective against gram-positive bacteria, vancomycin-resistant bacteria is a major public health concern. While the vancomycin resistance mechanisms of clinically important bacteria such as Staphylococcus aureus , Enterococcus faecium , and Streptococcus pneumoniae are well-studied, they remain unclear in other gram-positive bacteria. In the present study, we searched for vancomycin-resistant mutants from a gene deletion library of a model gram-positive bacterium, Bacillus subtilis , and found that knockout of a putative glycosyltransferase, ykcB , caused vancomycin resistance in B. subtilis . Notably, unlike the previously reported vancomycin-resistant bacterial strains, ykcB -deficient B. subtilis exhibited increased virulence while maintaining its growth rate. Our results broaden the fundamental understanding of vancomycin-resistance mechanisms in gram-positive bacteria.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
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