Predictable patterns of CTL escape and reversion across host populations\n and viral subtypes in HIV-1 evolution
Notice bibliographique
Résumé
The twin processes of viral evolutionary escape and reversion in response to\nhost immune pressure, in particular the cytotoxic T-lymphocyte (CTL) response,\nshape Human Immunodeficiency Virus-1 sequence evolution in infected host\npopulations. The tempo of CTL escape and reversion is known to differ between\nCTL escape variants in a given host population. Here, we ask: are rates of\nescape and reversion comparable across infected host populations? For three\ncohorts taken from three continents, we estimate escape and reversion rates at\n23 escape sites in optimally defined Gag epitopes. We find consistent escape\nrate estimates across the examined cohorts. Reversion rates are also consistent\nbetween a Canadian and South African infected host population. Certain Gag\nescape variants that incur a large replicative fitness cost are known to revert\nrapidly upon transmission. However, the relationship between escape/reversion\nrates and viral replicative capacity across a large number of epitopes has not\nbeen interrogated. We investigate this relationship by examining $in$ $vitro$\nreplicative capacities of viral sequences with minimal variation: point escape\nmutants induced in a lab strain. Remarkably, despite the complexities of\nepistatic effects exemplified by pathways to escape in famous epitopes, and the\ndiversity of both hosts and viruses, CTL escape mutants which escape rapidly\ntend to be those with the highest replicative capacity when applied as a single\npoint mutation. Similarly, mutants inducing the greatest costs to viral\nreplicative capacity tend to revert more quickly. These data suggest that\nescape rates in Gag are consistent across host populations, and that in general\nthese rates are dominated by site specific effects upon viral replicative\ncapacity.\n
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».