Abstract IA015: ASPSCR1-TFE3 reprograms transcription by organizing enhancer loops
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aberrant transcription in alveolar soft part sarcoma and some Xp11-rearranged renal cell carcinomas is orchestrated by the fusion oncoprotein, ASPSCR1-TFE3, expressed from a t(X;17) chromosomal translocation-mediated fusion gene. Here, proteomic analysis of proteins co-immunoprecipitated with ASPSCR1-TFE3 from human cell lines and mouse genetically-induced tumors revealed strong enrichment of a AAA+ ATPase with known segregase function. Native gel and electron microscopy found that ASPSCR1-TFE3 associates multi-valently with segregase hexamers. Forward and reverse genetic experiments with ASPSCR1-TFE3 and the segregase demonstrated that they function co-dependently for cancer cell proliferation. The presence, hexamer assembly, and enzymatic function of the segregase enabled the transcriptional impact of ASPSCR1-TFE3. The two proteins co-distributed across chromatin genome-wide, associated with enhancers, indicated by flanking H3K27ac enrichment in human cell lines, human tumors, and genetically engineered mouse tumors. These assembled into higher-order chromatin conformation structures demonstrated by HiChIP and downregulated by loss of ASPSCR1-TFE3 or the segregase. Thus, a segregase was found to assemble chromatin into three-dimensional structures as a co-factor of oncogenic transcriptional regulation. Citation Format: Kevin B. Jones. ASPSCR1-TFE3 reprograms transcription by organizing enhancer loops [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Sarcomas; 2022 May 9-12; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2022;28(18_Suppl):Abstract nr IA015.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».