MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4296027240 · doi:10.1158/2159-8290.cd-21-0865

Loss of Epigenetic Regulation Disrupts Lineage Integrity, Induces Aberrant Alveogenesis, and Promotes Breast Cancer

2022· article· en· W4296027240 sur OpenAlexafffund
Ellen Langille, Khalid N. Al‐Zahrani, Zhibo Ma, Minggao Liang, Liis Uusküla-Reimand, Roderic Espín, Katie Teng, Ahmad Malik, Helga Bergholtz, Samah El Ghamrasni, Somaieh Afiuni‐Zadeh, Ricky Tsai, Sana Alvi, Andrew Elia, YiQing Lü, Robin H. Oh, Katelyn J. Kozma, Daniel Trcka, Masahiro Narimatsu, Jeff C. Liu, Thomas Nguyen, Seda Barutcu, Sampath K. Loganathan, Rod Bremner, Gary D. Bader, Sean E. Egan, David W. Cescon, Thérese Sørlie, Jeffrey L. Wrana, Hartland W. Jackson, Michael D. Wilson, Agnieszka K. Witkiewicz, Erik S. Knudsen, Miguel Ángel Pujana, Geoffrey M. Wahl, Daniel Schramek

Notice bibliographique

RevueCancer Discovery · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreHospital for Sick ChildrenLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesTerry Fox Research InstituteInstituto de Salud Carlos IIICanadian Institutes of Health ResearchNational Cancer InstituteGeneralitat de CatalunyaDr. Herbert and Nicole Wertheim Family FoundationBreast Cancer Research Foundation
Mots-clésEpigeneticsBiologyBreast cancerLineage (genetic)CancerCancer researchEpigenesisGeneticsCell biologyDNA methylationGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Systematically investigating the scores of genes mutated in cancer and discerning disease drivers from inconsequential bystanders is a prerequisite for precision medicine but remains challenging. Here, we developed a somatic CRISPR/Cas9 mutagenesis screen to study 215 recurrent "long-tail" breast cancer genes, which revealed epigenetic regulation as a major tumor-suppressive mechanism. We report that components of the BAP1 and COMPASS-like complexes, including KMT2C/D, KDM6A, BAP1, and ASXL1/2 ("EpiDrivers"), cooperate with PIK3CAH1047R to transform mouse and human breast epithelial cells. Mechanistically, we find that activation of PIK3CAH1047R and concomitant EpiDriver loss triggered an alveolar-like lineage conversion of basal mammary epithelial cells and accelerated formation of luminal-like tumors, suggesting a basal origin for luminal tumors. EpiDriver mutations are found in ∼39% of human breast cancers, and ∼50% of ductal carcinoma in situ express casein, suggesting that lineage infidelity and alveogenic mimicry may significantly contribute to early steps of breast cancer etiology. SIGNIFICANCE: Infrequently mutated genes comprise most of the mutational burden in breast tumors but are poorly understood. In vivo CRISPR screening identified functional tumor suppressors that converged on epigenetic regulation. Loss of epigenetic regulators accelerated tumorigenesis and revealed lineage infidelity and aberrant expression of alveogenesis genes as potential early events in tumorigenesis. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 2711.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,222
Score d'incertitude au seuil0,546

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,299
Écart entre enseignants0,288 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCancer DiscoveryMême sujetCRISPR and Genetic EngineeringTravaux en français237 207