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Enregistrement W4296031587 · doi:10.1038/s41467-022-32701-6

Transcriptional profiling of matched patient biopsies clarifies molecular determinants of enzalutamide-induced lineage plasticity

2022· article· en· W4296031587 sur OpenAlexaff
Thomas C. Westbrook, Xiangnan Guan, Eva S. Rodansky, Diana Flores, Chia-Jen Liu, Aaron M. Udager, Radhika A. Patel, Michael C. Haffner, Ya‐Mei Hu, Duanchen Sun, Tomasz M. Beer, Adam Foye, Rahul Aggarwal, David A. Quigley, Jack Youngren, Charles J. Ryan, Martin Gleave, Yuzhuo Wang, Jiaoti Huang, Ilsa M. Coleman, Colm Morrissey, Peter S. Nelson, Christopher P. Evans, Primo N. Lara, Robert E. Reiter, Owen N. Witte, Matthew B. Rettig, Christopher K. Wong, Alana S. Weinstein, Vladislav Uzunangelov, Joshua M. Stuart, George Thomas, Felix Y. Feng, Eric J. Small, Joel A. Yates, Zheng Xia, Joshi J. Alumkal

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueProstate Cancer Treatment and Research
Établissements canadiensBC Cancer AgencyUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteAstellas PharmaUniversity of Michigan Comprehensive Cancer CenterProstate Cancer FoundationAstellas Pharma Global DevelopmentNational Comprehensive Cancer NetworkUniversity of MichiganNational Heart, Lung, and Blood InstituteV Foundation for Cancer ResearchU.S. Department of Health and Human ServicesDoris Duke Charitable FoundationStand Up To CancerRogel Cancer Center, University of MichiganU.S. Department of Defense
Mots-clésEnzalutamideTranscriptomeLineage (genetic)Prostate cancerBiologyCancer researchTranscription factorCancerAndrogen receptorBioinformaticsOncologyGeneMedicineGeneticsGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The androgen receptor (AR) signaling inhibitor enzalutamide (enza) is one of the principal treatments for metastatic castration-resistant prostate cancer (CRPC). Several emergent enza clinical resistance mechanisms have been described, including lineage plasticity in which the tumors manifest reduced dependency on the AR. To improve our understanding of enza resistance, herein we analyze the transcriptomes of matched biopsies from men with metastatic CRPC obtained prior to treatment and at progression (n = 21). RNA-sequencing analysis demonstrates that enza does not induce marked, sustained changes in the tumor transcriptome in most patients. However, three patients' progression biopsies show evidence of lineage plasticity. The transcription factor E2F1 and pathways linked to tumor stemness are highly activated in baseline biopsies from patients whose tumors undergo lineage plasticity. We find a gene signature enriched in these baseline biopsies that is strongly associated with poor survival in independent patient cohorts and with risk of castration-induced lineage plasticity in patient-derived xenograft models, suggesting that tumors harboring this gene expression program may be at particular risk for resistance mediated by lineage plasticity and poor outcomes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,350

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,045
Tête enseignante GPT0,351
Écart entre enseignants0,307 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations59
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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