Abstract B021: Long non-coding RNAs that are required for robust cell growth in ewing Sarcoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract While long non-coding RNAs (lncRNAs) are upregulated in many cancers, their role in pediatric cancers is unclear. Among pediatric cancers, Ewing sarcoma is unique in that these tumors show upregulation of a large, specific number of lncRNAs. To perform an unbiased screen of lncRNA function in Ewing sarcoma, we used a pooled CRISPRi screen to identify lncRNAs that modify cell growth. We included in the pooled library lncRNAs either highly expressed in Ewing Sarcoma or directly regulated by the driving oncogene in Ewing Sarcoma, EWS-FLI. We identified 49 lncRNAs that when inhibited by CRISPRi led to decreased growth of Ewing cell lines. Among those that scored most significantly were the small nucleolar host genes SNHG1, SNHG12, and SNHG30. To validate the screening results, we individually cloned the two most depleted sgRNAs targeting for each of these three lncRNAs into a lentiviral vector. We expressed these sgRNAs in three different dCas9-KRAB+ Ewing cell lines and used internally controlled growth assays to test whether the observed phenotypes from the screens were reproducible. We confirmed that for all three lncRNAs hits significantly affected Ewing’s growth, and their depletion leads to an increase in apoptosis. To determine how lncRNAs influence the ability of Ewing sarcoma cells to growth and survive in vivo, we performed a subcutaneous xenograft CRISPRi screen using the same pooled library used in vitro. The lncRNAs with the strongest pro-growth phenotype after knock-down were PVT1 and the uncharacterized LINC02688. Ongoing studies are directed at determining the Ewing-specific role of these lncRNAs. Overall, our studies demonstrate the value of studying lncRNA functions in vitro and in vivo, provides a valuable resource of new lncRNAs targets to further research and establishes a framework for systematic discovery of functional lncRNAs in Ewing cells. Citation Format: Marcela C. Briones Martin del Campo, Alex Lee, Max Horlbeck, Truc Dinh, Marta Roman-Moreno, Leanne Sayles, Bokyung Seong, Kimberly Stegmaier, Luke Gilbert, E. Alejandro Sweet-Cordero. Long non-coding RNAs that are required for robust cell growth in ewing Sarcoma [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Sarcomas; 2022 May 9-12; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2022;28(18_Suppl):Abstract nr B021.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».