MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4296234769 · doi:10.1016/j.bbrep.2022.101344

A real-time measurement system for gene expression rhythms from deep tissues of freely moving mice under light-dark conditions

2022· article· en· W4296234769 sur OpenAlexfundno aff
Mizuki Nakaya, Miho Wakamatsu, Hinaki Motegi, Ami Tanaka, Kenneth Sutherland, Masayori Ishikawa, Michitaka Ozaki, Hiroki Shirato, Kazuko Hamada, Toshiyuki Hamada

Notice bibliographique

RevueBiochemistry and Biophysics Reports · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueCircadian rhythm and melatonin
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesJapan Society for the Promotion of ScienceJapan Society for the Promotion of Science LondonCanadian Society of Nephrology
Mots-clésPER1CLOCKCircadian rhythmSuprachiasmatic nucleusRhythmGene expressionBiologyOscillating geneLight effects on circadian rhythmCircadian clockGeneCell biologyNeuroscienceInternal medicineGeneticsMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Clock gene expression in most organs of the living body exhibits a diurnal rhythm synchronized with the external 24 h light-dark (LD) cycle via circadian pacemaker suprachiasmatic nucleus (SCN). Disturbances in clock gene expression due to desynchronization of clock gene expression of the external LD cycle are risk factors for developing various diseases. Measuring the in vivo clock genes expression rhythm for a long duration under LD conditions can greatly contribute to understand the pathogenic mechanism of the disease caused by the disturbance of the biological rhythm. However, it is presently difficult to continuously measure gene expression for a long duration under LD conditions. In present study, we succeeded in measuring Period1 ( Per1 ) gene expression under LD conditions using ultraviolet (UV) light with filter cut the visible light range. In addition, we succeeded in measuring the kinetic change of liver Per1 gene expression during the process of desynchronization of behavioral rhythm from the LD cycle by chronic administration of methamphetamine (MAP). In the future, by using this system to measure clock gene expression rhythms of brain tissues such as SCN and peripheral tissues under LD conditions, it could contribute to understand the onset mechanism of diseases induced by the desynchronization mechanism of biological rhythm to the LD cycle.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueBiochemistry and Biophysics ReportsMême sujetCircadian rhythm and melatoninTravaux en français237 207