PSVIII-B-15 Potential Involvement of DNA Methylation of First Intron in Transcriptional Regulation During Bovine Subclinical Mastitis Caused by Staphylococcus Aureus
Notice bibliographique
Résumé
Abstract DNA methylation involvement in the regulation of mammary gland inflammatory defense against pathogens, including Staphylococcus aureus(SA) has been documented. However, the mechanisms are not clear. The possible influence of DNA methylation of first introns (DNA-MeFI) on transcriptional activities during subclinical mastitis was studied by profiling the methylome (whole genome methylation sequencing) and transcriptome (RNA-sequencing) of milk somatic cells from cows(n=15) with SA subclinical mastitis (SACs) and healthy cows (HCs)(n=13), followed by bioinformatics processing with standard tools. The DNA-MeFI was calculated, for each of 19411 genes found as expressed in the samples, by averaging the methylation levels of all CpG sites in the first intron. At genome-wide, the DNA-MeFIs was inversely correlated with gene expression (GE) (Pearson’s r=-0.173, p=1.60×10-122)(Figure 1-A). Similarly, the difference in the DNA-MeFI and GE between SACs and HCs was also inversely correlated (Pearson’s r=-0.149, p=4.25×10-97)(Figure 1-B). Application of machine learning by Gaussian Mixed model (GMM) using scikit-learn in python to the changes of DNA-MeFI and GE between SACs and HCs revealed 2866 outliers (GMM’s p< 0.005) that showed significant changes in the DNA-MeFI and/or GE. 644 genes with >10% difference in DNA-MeFI and |log2FC| >1 in GE were selected and referred to as differentially methylated and expressed genes (DME-genes). 644 DME-genes were significantly enriched in 5 GO terms and 11 KEGG pathways related to diseases and immune functions, including Staphylococcus aureus infection and Natural killer cell mediated cytotoxicity (Table 1). Furthermore, 74.84% DME-genes showed inverse changes in DNA-MeFI and GE. Besides, the DNA-MeFI of 264 DME-genes were found to correlate significantly with their GE (|rho| >0.3, FDR<0.05), including 225 DME-genes(85.23%) with inverse correlations(rho< -0.3, FDR< 0.05). 39 DME-genes with positive correlations were significantly enriched in 21 GO terms mainly related to metabolic processes. In conclusion, the DNA-MeFI possibly participate in the regulation of gene expression during bovine subclinical mastitis caused by SA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».