149 Differences in Gene Expression Following Natural Exposure to Gastrointestinal Parasites between Sheep Selected for High Innate Responses and High Antibody-Mediated Adaptive Immune Responses
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Parasitism by gastrointestinal nematodes (GINs) is a major source of morbidity and mortality for sheep flocks grazed on pasture. Since there is evidence for genetic resistance to GINs in some sheep breeds, genetic selection for immunologic resistance to GIN is a possible management strategy. This study sought to identify differences at the transcriptome level between Ridau-Arcott sheep characterized as high innate immune responders (IIRs, n=5) or high antibody-mediated immune responders (AbMIRs, n=5) following natural exposure to and infection with GINs after spending the summer on GIN-infested pasture; infection was confirmed with individual fecal egg counts. The transcriptomes of the high IIR and high AbMIR animals were also compared with GIN-naïve sheep of the same breed (all medium IIR and AbMIR responders, n = 7). Liver tissue samples from the 17 animals were used to perform transcriptomic analyses using RNA-Sequencing technology. The CLC Genomics Workbench 20.0.4 (CLC Bio, Aarhaus, Denmark) software was used to map reads to the most recent ovine reference genome (Oar rambouillet.v1.0.105), and for differential gene expression analysis. In total, 144 differentially expressed genes (DEG) were found between the high IIRs and the high AbMIRs (FDR< 0.05, and fold change (FC) abs > 2). When compared to the naïve animals, 136 and 53 DEG were found between them and the high IIRs and the high AbMIRs, respectively. In order to verify their function in the host immune response to GINs, functional enrichment analyses were performed on these candidate genes using the AmiGO2 software. Monocarboxilic acid metabolism was identified as an enriched biological process (FDR < 0.05), and ammonia-lyase activity and metalloendopeptidase activity were enriched molecular functions between the high IIR and high AbMIR animals (FDR < 0.05). These preliminary results improve understanding of how host resistance to GINs is genetically regulated through the innate and adaptive immune systems in sheep.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».