Surveillance des infections invasives à streptocoques du groupe A au Canada, 2020
Notice bibliographique
Résumé
Contexte : L'infection invasive à streptocoques du groupe A (IISGA) (causée par Streptococcus pyogenes) est une maladie à déclaration obligatoire au Canada depuis 2000.Cet article résume les données démographiques, les types emm et la résistance aux antimicrobiens des IISGA au Canada en 2020.Méthodes : Le Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada (Winnipeg, Manitoba) collabore avec les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour assurer la surveillance nationale du S. pyogenes invasif.Le typage des gènes emm a été effectué sur tous les isolats en utilisant le protocole de séquençage du gène emm des Centres de contrôle et de prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention).Les susceptibilités antimicrobiennes ont été déterminées par diffusion sur disque de Kirby-Bauer, conformément aux directives de la Clinical and Laboratory Standards Institute.Les taux d'incidence des IISGA basés sur la population jusqu'en 2019 ont été obtenus par le biais du Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire.Résultats : Dans l'ensemble, l'incidence de l'IISGA au Canada est passée de 4,0 à 8,1 cas pour 100 000 habitants entre 2009 et 2019.L'incidence de 2019 représente une légère baisse par rapport au taux de 2018, qui était de 8,6 cas pour 100 000 habitants.Un total de 2 867 isolats de S. pyogenes invasif qui ont été prélevés en 2020 sont inclus dans cet article, ce qui représente une diminution par rapport à 2019 (n = 3 194).Les types emm les plus fréquents en 2020 étaient emm49 (16,8 %, n = 483) et emm76 (15,0 %, n = 429), tous deux augmentant leur prévalence de façon importante depuis 2016 (p < 0,001).L'ancien type le plus répandu, le gène emm1, est passé de 15,4 % (n = 325) en 2016 à 7,6 % (n = 217) en 2020.Les taux de résistance aux antimicrobiens en 2020 comprenaient 11,5 % de résistance à l'érythromycine, 3,2 % de résistance à la clindamycine et 1,6 % de non-susceptibilité au chloramphénicol.Conclusion : Bien que le nombre d'isolats de S. pyogenes invasif prélevés ait légèrement diminué en 2020 par rapport aux années précédentes, l'IISGA reste un problème de santé publique important.La distribution des gènes emm au Canada s'est subtilement modifiée au cours des cinq dernières années, s'éloignant du gène emm1, commun et bien connu, pour se rapprocher des gènes emm49 et emm76.Il est important de poursuivre la surveillance des S. pyogenes au Canada afin de suivre l'expansion des types emm de remplacement, ainsi que les clones d'éclosion et la résistance aux antimicrobiens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».