Surveillance des infections invasives à streptocoques du groupe A au Canada, 2020
Bibliographic record
Abstract
Contexte : L'infection invasive à streptocoques du groupe A (IISGA) (causée par Streptococcus pyogenes) est une maladie à déclaration obligatoire au Canada depuis 2000.Cet article résume les données démographiques, les types emm et la résistance aux antimicrobiens des IISGA au Canada en 2020.Méthodes : Le Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada (Winnipeg, Manitoba) collabore avec les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour assurer la surveillance nationale du S. pyogenes invasif.Le typage des gènes emm a été effectué sur tous les isolats en utilisant le protocole de séquençage du gène emm des Centres de contrôle et de prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention).Les susceptibilités antimicrobiennes ont été déterminées par diffusion sur disque de Kirby-Bauer, conformément aux directives de la Clinical and Laboratory Standards Institute.Les taux d'incidence des IISGA basés sur la population jusqu'en 2019 ont été obtenus par le biais du Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire.Résultats : Dans l'ensemble, l'incidence de l'IISGA au Canada est passée de 4,0 à 8,1 cas pour 100 000 habitants entre 2009 et 2019.L'incidence de 2019 représente une légère baisse par rapport au taux de 2018, qui était de 8,6 cas pour 100 000 habitants.Un total de 2 867 isolats de S. pyogenes invasif qui ont été prélevés en 2020 sont inclus dans cet article, ce qui représente une diminution par rapport à 2019 (n = 3 194).Les types emm les plus fréquents en 2020 étaient emm49 (16,8 %, n = 483) et emm76 (15,0 %, n = 429), tous deux augmentant leur prévalence de façon importante depuis 2016 (p < 0,001).L'ancien type le plus répandu, le gène emm1, est passé de 15,4 % (n = 325) en 2016 à 7,6 % (n = 217) en 2020.Les taux de résistance aux antimicrobiens en 2020 comprenaient 11,5 % de résistance à l'érythromycine, 3,2 % de résistance à la clindamycine et 1,6 % de non-susceptibilité au chloramphénicol.Conclusion : Bien que le nombre d'isolats de S. pyogenes invasif prélevés ait légèrement diminué en 2020 par rapport aux années précédentes, l'IISGA reste un problème de santé publique important.La distribution des gènes emm au Canada s'est subtilement modifiée au cours des cinq dernières années, s'éloignant du gène emm1, commun et bien connu, pour se rapprocher des gènes emm49 et emm76.Il est important de poursuivre la surveillance des S. pyogenes au Canada afin de suivre l'expansion des types emm de remplacement, ainsi que les clones d'éclosion et la résistance aux antimicrobiens.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.003 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.003 | 0.004 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".