Eliminating Genes for a Two Component System Increases PHB Productivity in <i>Cupriavidus basilensis</i> 4G11 Under PHB Suppressing, Non-Stress Conditions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Species of bacteria from the genus Cupriavidus are known, in part, for their ability to produce high amounts of poly-hydroxybutyrate (PHB) making them attractive candidate bioplastic producers. The native production of PHB occurs during periods of metabolic stress, and the process regulating the initiation of PHB accumulation in these organisms is not fully understood. Screening an RB-TnSeq transposon library of Cupriavidus basilensis 4G11 allowed us to identify two genes of an apparent, uncharacterized two component system which, when omitted from the genome, are capable of increased PHB productivity in balanced, non-stress growth conditions. We observe average increases in PHB productivity of 56% and 41% relative to the wildtype parent strain, upon deleting each of two genes individually from the genome. The increased PHB phenotype disappears, however, in nitrogen-free unbalanced growth conditions suggesting the phenotype is specific to fast-growing, replete, non-stress growth. Bioproduction modeling suggests this phenotype could be due to a decreased reliance on metabolic stress induced by nitrogen limitation to initiate PHB production in the mutant strains. Such strains may allow for the use of single stage, continuous bioreactor systems, which are far simpler than PHB bioproduction schemes used previously. Bioproductivity modeling suggests that omitting this regulation in the cells may increase PHB productivity up to 24% relative to the wildtype organism when using single stage continuous systems. This work furthermore expands our understanding of the regulation of PHB accumulation in Cupriavidus , in particular the initiation of this process upon transition into unbalanced growth regimes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».