Evaluation of Azido 3-Deoxy-<scp>d</scp>-<i>manno</i>-oct-2-ulosonic Acid (Kdo) Analogues for Click Chemistry-Mediated Metabolic Labeling of <i>Myxococcus xanthus</i> DZ2 Lipopolysaccharide
Notice bibliographique
Résumé
Metabolic labeling paired with click chemistry is a powerful approach for selectively imaging the surfaces of diverse bacteria. Herein, we explored the feasibility of labeling the lipopolysaccharide (LPS) of Myxococcus xanthus─a Gram-negative predatory social bacterium known to display complex outer membrane (OM) dynamics─via growth in the presence of distinct azido (-N3) analogues of 3-deoxy-d-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo). Determination of the LPS carbohydrate structure from strain DZ2 revealed the presence of one Kdo sugar in the core oligosaccharide, modified with phosphoethanolamine. The production of 8-azido-8-deoxy-Kdo (8-N3-Kdo) was then greatly improved over previous reports via optimization of the synthesis of its 5-azido-5-deoxy-d-arabinose precursor to yield gram amounts. The novel analogue 7-azido-7-deoxy-Kdo (7-N3-Kdo) was also synthesized, with both analogues capable of undergoing in vitro strain-promoted azide–alkyne cycloaddition (SPAAC) “click” chemistry reactions. Slower and faster growth of M. xanthus was displayed in the presence of 8-N3-Kdo and 7-N3-Kdo (respectively) compared to untreated cells, with differences also seen for single-cell gliding motility and type IV pilus-dependent swarm community expansion. While the surfaces of 8-N3-Kdo-grown cells were fluorescently labeled following treatment with dibenzocyclooctyne-linked fluorophores, the surfaces of 7-N3-Kdo-grown cells could not undergo fluorescent tagging. Activity analysis of the KdsB enzyme required to activate Kdo prior to its integration into nascent LPS molecules revealed that while 8-N3-Kdo is indeed a substrate of the enzyme, 7-N3-Kdo is not. Though a lack of M. xanthus cell aggregation was shown to expedite growth in liquid culture, 7-N3-Kdo-grown cells did not manifest differences in intrinsic clumping relative to untreated cells, suggesting that 7-N3-Kdo may instead be catabolized by the cells. Ultimately, these data provide important insights into the synthesis and cellular processing of valuable metabolic labels and establish a basis for the elucidation of fundamental principles of OM dynamism in live bacterial cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».