Using the HepaCometChip Assay for Broad‐Spectrum DNA Damage Analysis
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Exposure to DNA damaging agents can lead to mutations that cause cancer. The liver is particularly vulnerable because it contains high levels of Cytochrome P450 enzymes that can convert xenobiotics into DNA reactive metabolites that form potentially carcinogenic bulky DNA adducts. As such, current requirements for preclinical testing include in vivo testing for DNA damage in the liver, which often requires many animals. Given that efforts are underway in many countries to reduce or eliminate the use of animals in research, there is a critical need for fast and robust in vitro tests to discern whether xenobiotics or potential pharmaceutical agents can damage the hepatocyte genome. One possible approach is to leverage the alkaline comet assay, which is used to assess genotoxicity based on the ability of damaged DNA to become free to migrate toward the anode during electrophoresis. The comet assay, however, has several limitations. The assay is (i) slow and (ii) vulnerable to experimental noise, (iii) it is difficult to detect bulky DNA adducts since they do not directly affect DNA migration, and (iv) cell types typically used do not have robust metabolic capacity. To address some of these concerns, we have developed the "HepaCometChip" (a.k.a. the HepaRG CometChip), wherein metabolically competent cells are incorporated into a higher throughput CometChip platform. Repair trapping is used to increase sensitivity for bulky lesions: undetectable bulky lesions are converted into repair intermediates (specifically, single-strand breaks) that can be detected with the assay. Here, we describe a protocol for performing the HepaCometChip assay that includes handling and dosing of HepaRG cells and performing the CometChip assay. With its higher throughput, ability to capture metabolic activation, and sensitivity to bulky lesions, the HepaCometChip offers a potential alternative to the use of animals for genotoxicity testing. © 2022 The Authors. Current Protocols published by Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: HepaRG cell culturing and dosing Basic Protocol 2: CometChip assay.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle