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Enregistrement W4301372494 · doi:10.1101/2022.10.03.510743

MarR-Dependent Transcriptional Regulation of <i>mmpSL5</i> induces Ethionamide Resistance in <i>Mycobacterium abscessus</i>

2022· preprint· en· W4301372494 sur OpenAlexfundno aff
Ronald Rodriguez, Jesus Gonzalez Camba, John C. Berude, Rachel Fetterman, Sarah A. Stanley

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMycobacterium research and diagnosis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesGenome Center, University of California, DavisUniversity of California, DavisUniversity of California BerkeleyNorthwestern UniversityYork UniversityNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésMycobacterium abscessusEthionamideMycobacterium tuberculosisBiologyMicrobiologyTetRAntibioticsTransposon mutagenesisPathogenDrug resistanceMycobacteriumVirologyMutantGeneTuberculosisTransposable elementGeneticsBacteriaMedicineGene expressionEthambutolRifampicinRepressor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Mycobacterium abscessus ( Mabs ) is an emerging non-tuberculosis mycobacterial (NTM) pathogen responsible for a wide variety of respiratory and cutaneous infections that are difficult to treat with standard antibacterial therapy. Mabs has a high degree of both innate and acquired antibiotic resistance to most clinically relevant drugs, including standard anti-mycobacterial agents. Ethionamide (ETH), an inhibitor of mycolic acid biosynthesis is currently utilized as a second-line agent for treating multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) infections. Here, we show that ETH has activity against clinical strains of Mabs in vitro at concentrations that are therapeutically achievable. Using transposon mutagenesis and whole genome sequencing of spontaneous drug-resistant mutants, we identified marR (MAB_2648c) as a genetic determinant of ETH sensitivity in Mabs . The gene marR encodes a transcriptional regulator of the TetR family of regulators. We show that MarR represses expression of MAB_2649 ( mmpS5 ) and MAB_2650 ( mmpL5 ). Further, we show that de-repression of these genes in marR mutants confers resistance to ETH, but not other antibiotics. To identify determinants of resistance that may be shared across antibiotics, we also performed Tn-Seq during treatment with amikacin and clarithromycin, drugs currently used clinically to treat Mabs . We found very little overlap in genes that modulate the sensitivity of Mabs to all three antibiotics, suggesting a high degree of specificity for resistance mechanisms in this emerging pathogen. Importance Antibiotic resistant infections caused by Mycobacterium abscessus ( Mabs ) have been increasing in prevalence and treatment is often unsuccessful. Success rates range from 30-50%, primarily due to the high intrinsic resistance of Mabs to most clinically useful antibiotics. New therapeutic strategies, including repurposing of existing antibiotics, are urgently needed to improve treatment success rates. Here, we show that the anti-TB antibiotic ethionamide (ETH) has repurposing potential against Mabs , displaying bacteriostatic activity and delaying emergence of drug resistance when combined with clinically relevant antibiotics currently used against Mabs in vitro . We identified genes that modulated susceptibility of Mabs to ETH. marR encodes a transcriptional regulator that when deleted, confers ETH resistance. Our collective findings can be used to further explore the function of other genes that contribute to ETH susceptibility and help design the next generation of antibacterial regimens against Mabs that may potentially include ETH.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
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