A Survey on Publicly Available Open Datasets Derived From Electronic Health Records (EHRs) of Patients with Neuroblastoma
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
<strong>Background:</strong> Neuroblastoma is a rare pediatric cancer that affects thousands of children worldwide. Information stored in electronic health records can be a useful source of data forin silicoscientific studies about this disease, carried out both by humans and by computational machines. Several open datasets derived from electronic health records of anonymized patients diagnosed with neuroblastoma are available in the internet, but they were released on different websites or as supplementary information of peer-reviewed scientific publications, making them difficult to find. <strong>Methods:</strong> To solve this problem, we present here this survey of five open public datasets derived from electronic health records of patients diagnosed with neuroblastoma, all collected in a single website called Neuroblastoma Electronic Health Records Open Data Repository. <strong>Results:</strong> The five open datasets presented in this survey can be used by researchers worldwide who want to carry on scientific studies on neuroblastoma, including machine learning and computational statistics analyses. <strong>Conclusions:</strong> We believe our survey and our open data resource can have a strong impact in oncology research, allowing new scientific discoveries that can improve our understanding of neuroblastoma and therefore improve the conditions of patients. We release the five open datasets reviewed here publicly and freely on our Neuroblastoma Electronic Health Records Open Data Repository under the CC BY 4.0 license at: <a href="https://davidechicco.github.io/neuroblastoma_EHRs_data" target="_blank">https://davidechicco.github.io/neuroblastoma_EHRs_data</a> or at <a href="https://doi.org/10.5281/zenodo.6915403" target="_blank">https://doi.org/10.5281/zenodo.6915403</a>
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | Science ouverte Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Synthèse Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Autre devis | low |
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle