Detection of Human Papilloma Virus (HPV) Infection in Colorectal Cancer and Viral Genome Integration Status
Notice bibliographique
Résumé
Background: Colorectal cancer (CRC) is the third common cause of malignancy in Iran, and its incidence rate has been raised due to an increase in individual and environmental risk factors. Objectives: The present study aimed to define the role of human papillomavirus (HPV) infection in CRC, then by drawing a phylogenetic tree, we aimed to analysis the sequences of isolated HPVs, and finally determine the viral genome physical status for HPV-16. Methods: A nested-PCR (nPCR), direct sequencing, and INNO-LiPA HPV genotyping assay were carried out for HPV detection, and a quantitative real-time PCR assay (qRT-PCR) was conducted for the physical status of the viral genome. Results: Among 157 subsets, there were 66 cases and 91 controls. Moreover, 5.7% (9/157) were HPV positive by nPCR, among whom 9.1% (6/66) were cases and 3.3% (3/91) were control groups (P = 0.750). The qRT-PCR analysis showed three forms of integrated, episomal, and mixed forms in our three HPV-16 strains. A higher rate of HPV infection was detected in the CRC cases; however, it was not statistically significant. Conclusions: Although there were limited positive results, higher ages (> 65) were related to HPV involvement and CRC outcome. Furthermore, 9.1% of the CRC cases were infected with HPVs. The HPV-16 genome integration is observed in high-grade cancer cases with severe malignancy in CRC patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».