← Retour à la cohorte
Whole genome sequence analysis of blood lipid levels in >66,000 individuals
Margaret Sunitha Selvaraj, Xihao Li, Zilin Li, Akhil Pampana, David Zhang, Joseph Park, Stella Aslibekyan, Joshua C. Bis, Jennifer A. Brody, Brian E. Cade, Lee‐Ming Chuang, Ren‐Hua Chung, Joanne E. Curran, Lisa de las Fuentes, Paul S. de Vries, Ravindranath Duggirala, Barry I. Freedman, Mariaelisa Graff, Xiuqing Guo, Nancy L. Heard‐Costa, Bertha Hidalgo, Chii‐Min Hwu, Marguerite R. Irvin, Tanika N. Kelly, Brian G. Kral, Leslie A. Lange, Xiaohui Li, Martin Lisa, Steven A. Lubitz, Ani Manichaikul, Michael Preuß, May E. Montasser, Alanna C. Morrison, Take Naseri, Jeffrey R. O’Connell, Patricia A. Peyser, Muagututi‘a Sefuiva Reupena, Jennifer A. Smith, Xiao Sun, Kent D. Taylor, Russell P. Tracy, Michael Y. Tsai, Zhe Wang, Yuxuan Wang, Wei Bao, John T. Wilkins, Lisa R. Yanek, Wei Zhao, Donna K. Arnett, John Blangero, Eric Boerwinkle, Donald W. Bowden, Yii‐Der Ida Chen, Adolfo Correa, L. Adrienne Cupples, Susan K. Dutcher, Patrick T. Ellinor, Myriam Fornage, Stacey Gabriel, Søren Germer, Richard A. Gibbs, Jiang He, Robert C. Kaplan, Sharon L. R. Kardia, Ryan Kim, Charles Kooperberg, Ruth J. F. Loos, Karine A. Viaud‐Martinez, Rasika A. Mathias, Stephen T. McGarvey, Braxton D. Mitchell, Deborah A. Nickerson, Kari E. North, Bruce M. Psaty, Susan Redline, Alex P. Reiner, Ramachandran S. Vasan, Stephen S. Rich, Cristen J. Willer, Jerome I. Rotter, Daniel J. Rader, Xihong Lin, Namiko Abe, Gonçalo R. Abecasis, François Aguet, Christine M. Albert, Laura Almasy, Álvaro Alonso, Seth A. Ament, Peter Anderson, Pramod Anugu, Deborah Applebaum‐Bowden, Kristin Ardlie, Dan E. Arking, Allison E. Ashley‐Koch, Tim Assimes, Paul L. Auer, Dimitrios Avramopoulos, Najib Ayas, Adithya Balasubramanian, John Barnard, Kathleen C. Barnes, R. Graham Barr, Emily Barron‐Casella, Lucas Barwick, Terri H. Beaty, Gerald J. Beck, Diane M. Becker, Lewis C. Becker, Rebecca Beer, Amber L. Beitelshees, Emelia J. Benjamin, Takis Benos, Marcos Bezerra, Larry Bielak, Thomas W. Blackwell, Russell P. Bowler, Ulrich Broeckel, Jai Broome, Deborah Brown, Karen Bunting, Esteban G. Burchard, Carlos D. Bustamante, Erin Buth, Jonathan Cardwell, Vincent J. Carey, Julie Carrier, Cara L. Carty, Richard Casaburi, Juan P. Romero, James F. Casella, Peter J. Castaldi, Mark Chaffin, Christy Chang, Yi‐Cheng Chang, Daniel I. Chasman, Sameer Chavan, Bo-Juen Chen, Wei‐Min Chen, Michael Cho, Seung Hoan Choi, Mina K. Chung, Clary B. Clish, Suzy Comhair, Matthew P. Conomos, Elaine Cornell, Carolyn Crandall, James D. Crapo, Jeffrey L. Curtis, Brian Custer, Coleen Damcott, Dawood Darbar, Sean P. David, Colleen Davis, Michelle Daya, Mariza de Andrade, Michael R. DeBaun, Ranjan Deka, Dawn L. DeMeo, Scott E. Devine, Huyen Dinh, HarshaVardhan Doddapaneni, Qing Duan, Shannon Dugan‐Perez, Ravi Duggirala, Jon Peter Durda, Charles Eaton, Lynette Ekunwe, Adel Boueiz, Leslie S. Emery, Serpil C. Erzurum, Charles R. Farber, Jesse Farek, Tasha E. Fingerlin, Matthew Flickinger, Nora Franceschini, Chris Frazar, Mao Fu, Stephanie M. Fullerton, Lucinda Fulton, Weiniu Gan, Shanshan Gao, Yan Gao, Margery Gass, Heather Geiger, Bruce D. Gelb, Mark W. Geraci, Robert E. Gerszten, Auyon Ghosh, Chris Gignoux, Mark T. Gladwin, David C. Glahn, Stephanie M. Gogarten, Da‐Wei Gong, Harald H.H. Göring, Sharon Graw, Kathryn J. Gray, Daniel Grine, Colin Gross, C. Charles Gu, Yue Guan, Namrata Gupta, David M. Haas, Jeff Haessler, Michael E. Hall, Yi Han, Patrick J. Hanly, Daniel Harris, Nicola L. Hawley, Ben Heavner, Susan R. Heckbert, Ryan D. Hernandez, David M. Herrington, Craig P. Hersh, James E. Hixson, Brian D. Hobbs, John E. Hokanson, Elliott Hong, Karin F. Hoth, Chao A. Hsiung, Jianhong Hu, Yi‐Jen Hung, Haley Huston, Chii Min Hwu, Rebecca D. Jackson, Deepti Jain, Cashell E. Jaquish, Jill M. Johnsen, Andrew M. Johnson, Craig Johnson, Rich Johnston, Kimberly Jones, Hyun Min Kang, Shannon Kelly, Eimear E. Kenny, Michael D. Kessler, Alyna Khan, Ziad Khan, Wonji Kim, John Kimoff, Gregory L. Kinney, Barbara A. Konkle, Holly Kramer, Christoph Lange, Ethan M. Lange, Cathy C. Laurie, Cecelia Laurie, Meryl S. LeBoff, Jiwon Lee, Sandra Lee, Wen‐Jane Lee, Jonathon LeFaive, David Levine, Dan Levy, Joshua P. Lewis, Yun Li, Henry J. Lin, Honghuang Lin, Simin Liu, Yongmei Liu, Yu Liu, Kathryn L. Lunetta, James Luo, Ulysses J. Magalang, Michael C. Mahaney, Barry J. Make, Alisa K. Manning, JoAnn E. Manson, Lisa W. Martin, Melissa Marton, Susan Mathai, Susanne May, Patrick F. McArdle, Merry‐Lynn McDonald, Sean McFarland, Daniel McGoldrick, Caitlin McHugh, Becky McNeil, Hao Mei, James B. Meigs, Vipin K. Menon, Luisa Mestroni, Ginger Metcalf, Deborah A. Meyers, Emmanuel Mignot, Julie Mikulla, Yuan‐I Min, Mollie Minear, Ryan L. Minster, Matt Moll, Zeineen Momin, Courtney G. Montgomery, Donna M. Muzny, Josyf C. Mychaleckyj, Girish N. Nadkarni, Rakhi P. Naik, Sergeï Nekhai, Sarah C. Nelson, Bonnie Neltner, Caitlin Nessner, Osuji Nkechinyere, Jeff O’Connell, Tim O’Connor, Heather M. Ochs‐Balcom, Geoffrey Okwuonu, Allan I Pack, David T. Paik, James S. Pankow, George Papanicolaou, Juan M. Peralta, Marco Perez, James A. Perry, Ulrike Peters, Lawrence S. Phillips, Jacob Pleiness, Toni I. Pollin, Wendy S. Post, Julia Powers Becker, Meher Preethi Boorgula, Pankaj Qasba, Dandi Qiao, Zhaohui Qin, Nicholas Rafaels, Laura M. Raffield, Mahitha Rajendran, D. C. Rao, Laura J. Rasmussen‐Torvik, Aakrosh Ratan, Robert M. Reed, Catherine Reeves, Elizabeth A. Regan, Kenneth Rice, Rébecca Robillard, Nicolas Robine, Dan M. Roden, Carolina Roselli, Ingo Ruczinski, Alexi Runnels, Pamela Russell, Sarah Ruuska, Kathleen A. Ryan, Éster Cerdeira Sabino, Danish Saleheen, Shabnam Salimi, Sejal Salvi, Steven L. Salzberg, Kevin Sandow, Vijay G. Sankaran, Jireh Santibanez, Karen Schwander, David Schwartz, Frank C. Sciurba, Christine E. Seidman, Jonathan G. Seidman, Frédéric Sériès, Vivien Sheehan, Stephanie L. Sherman, Amol C. Shetty, Aniket Shetty, Wayne Hui-Heng Sheu, M. Benjamin Shoemaker, Brian Silver, Edwin K. Silverman, Robert Skomro, Albert V. Smith, J. G. Smith, Nicholas H. Smith, Tanja Smith, Sylvia Smoller, Beverly M. Snively, M Snyder, Tamar Sofer, Nona Sotoodehnia, Adrienne M. Stilp, Garrett Storm, Elizabeth A. Streeten, Jessica Lasky‐Su, Jody Sylvia, Adam A. Szpiro, Daniel Taliun, Hua Tang, Margaret A. Taub, Matthew R.G. Taylor, Simeon I. Taylor, Marilyn J. Telen, Timothy A. Thornton, Machiko Threlkeld, Lesley Tinker, David Tirschwell, Sarah A. Tishkoff, Hemant K. Tiwari, Catherine Tong, Dhananjay Vaidya, David Van Den Berg, Peter VandeHaar, Scott Vrieze, Tarik Walker, Robert B. Wallace, Avram Walts, Fei Fei Wang, Heming Wang, Jiongming Wang, Karol E. Watson, Jennifer Watt, Daniel E. Weeks, Joshua Weinstock, Bruce S. Weir, Scott T. Weiss, Lu‐Chen Weng, Jennifer Wessel, Kayleen Williams, L. Keoki Williams, Carla Wilson, James G. Wilson, Lara Winterkorn, Quenna Wong, Joseph Wu, Huichun Xu, Ivana V. Yang, Ketian Yu, Seyedeh M. Zekavat, Yingze Zhang, Snow Xueyan Zhao, Xiaofeng Zhu, Michael C. Zody, Sebastian Zoellner, Gina M. Peloso, Pradeep Natarajan
Notice bibliographique
RevueNature Communications · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLipoproteins and Cardiovascular Health
Établissements canadiensUniversity of SaskatchewanUniversité de MontréalUniversité LavalUniversity of OttawaMcGill UniversityUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Human Genome Research InstituteNational Institute on AgingNational Cancer InstituteScience and Technology Facilities CouncilBoston Scientific CorporationNovo Nordisk FondenYale UniversityInvitaeBristol-Myers SquibbAstraZenecaNational Institute of Mental HealthNational Heart, Lung, and Blood InstitutePfizerNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesAmgenRegeneron PharmaceuticalsU.S. Department of Veterans AffairsNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésGeneticsBiologyGeneMendelian inheritanceWhole genome sequencingDyslipidemiaGenomeAlleleComputational biologyGenome-wide association studySingle-nucleotide polymorphismGenotypeEndocrinology
Résumé
Blood lipids are heritable modifiable causal factors for coronary artery disease. Despite well-described monogenic and polygenic bases of dyslipidemia, limitations remain in discovery of lipid-associated alleles using whole genome sequencing (WGS), partly due to limited sample sizes, ancestral diversity, and interpretation of clinical significance. Among 66,329 ancestrally diverse (56% non-European) participants, we associate 428M variants from deep-coverage WGS with lipid levels; ~400M variants were not assessed in prior lipids genetic analyses. We find multiple lipid-related genes strongly associated with blood lipids through analysis of common and rare coding variants. We discover several associated rare non-coding variants, largely at Mendelian lipid genes. Notably, we observe rare LDLR intronic variants associated with markedly increased LDL-C, similar to rare LDLR exonic variants. In conclusion, we conducted a systematic whole genome scan for blood lipids expanding the alleles linked to lipids for multiple ancestries and characterize a clinically-relevant rare non-coding variant model for lipids.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,012
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,328
Écart entre enseignants0,287 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations74
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui