Development and implementation of a customised rapid syndromic diagnostic test for severe pneumonia
Notice bibliographique
Résumé
<ns4:p> <ns4:bold>Background:</ns4:bold> The diagnosis of pneumonia has been hampered by a reliance on bacterial cultures which take several days to return a result, and are frequently negative. In critically ill patients this leads to the use of empiric, broad-spectrum antimicrobials and compromises good antimicrobial stewardship. The objective of this study was <ns4:bold/> to <ns4:bold/> establish the performance of a syndromic molecular diagnostic approach, using a custom TaqMan array card (TAC) covering 52 respiratory pathogens, and assess its impact on antimicrobial prescribing. </ns4:p> <ns4:p/> <ns4:p> <ns4:bold>Methods:</ns4:bold> The TAC was validated against a retrospective multi-centre cohort of broncho-alveolar lavage samples. The TAC was assessed prospectively in patients undergoing investigation for suspected pneumonia, with a comparator cohort formed of patients investigated when the TAC laboratory team were unavailable. </ns4:p> <ns4:p>Co-primary outcomes were sensitivity compared to conventional microbiology and, for the prospective study, time to result. Metagenomic sequencing was performed to validate findings in prospective samples. Antibiotic free days (AFD) were compared between the study cohort and comparator group.</ns4:p> <ns4:p> <ns4:bold>Results:</ns4:bold> 128 stored samples were tested, with sensitivity of 97% (95% confidence interval (CI) 88-100%). Prospectively, 95 patients were tested by TAC, with 71 forming the comparator group. TAC returned results 51 hours (interquartile range 41-69 hours) faster than culture and with sensitivity of 92% (95% CI 83-98%) compared to conventional microbiology. 94% of organisms identified by sequencing were detected by TAC. There was a significant difference in the distribution of AFDs with more AFDs in the TAC group (p=0.02). TAC group were more likely to experience antimicrobial de-escalation (odds ratio 2.9 (95%1.5-5.5)). </ns4:p> <ns4:p> <ns4:bold>Conclusions:</ns4:bold> Implementation of a syndromic molecular diagnostic approach to pneumonia led to faster results, with high sensitivity and impact on antibiotic prescribing. </ns4:p>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».