Pseudomonas fitomaticsae sp. nov., isolated at Marimurtra Botanical Garden in Blanes, Catalonia, Spain
Notice bibliographique
Résumé
In the framework of the research project called fitomatics, we have isolated and characterized a bacterial plant-endophyte from the rhizomes of Iris germanica, hereafter referred to as strain FIT81T. The bacterium is Gram negative, rod-shaped with lophotrichous flagella, and catalase- and oxidase-positive. The optimal growth temperature of strain FIT81T is 28 °C, although it can grow within a temperature range of 4–32 °C. The pH growth tolerance ranges between pH 5 and 10, and it tolerates 4% (w/v) NaCl. A 16S rRNA phylogenetic analysis positioned strain FIT81T within the genus Pseudomonas , and multilocus sequence analysis revealed that Pseudomonas gozinkensis IzPS32dT, Pseudomonas glycinae MS586T, Pseudomonas allokribbensis IzPS23T, 'Pseudomonas kribbensis' 46–2 and Pseudomonas koreensis PS9-14T are the top five most closely related species, which were selected for further genome-to-genome comparisons, as well as for physiological and chemotaxonomic characterization. The genome size of strain FIT81T is 6 492 796 base-pairs long, with 60.6 mol% of G+C content. Average nucleotide identity and digital DNA–DNA hybridization analyses yielded values of 93.6 and 56.1%, respectively, when the FIT81T genome was compared to that of the closest type strain P. gozinkensis IzPS32dT. Taken together, the obtained genomic, physiologic and chemotaxonomic data indicate that strain FIT81T is different from its closest relative species, which lead us to suggest that it is a novel species to be included in the list of type strains with the name Pseudomonas fitomaticsae sp. nov. (FIT81T=CECT 30374T=DSM 112699T).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».