92 Confirmatory genetic testing for all CF screen positive newborns: a 12-year analysis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Cystic fibrosis (CF) is an autosomal recessive disease that can present with multisystem manifestations based on mutations in the CF transmembrane regulator (CFTR) gene. Screening for CF was added to the Newborn Screening Ontario (NSO) program in 2008 using immunoreactive trypsinogen and genetic testing with a panel of 39 + 3 polymorphisms. From 2008-2020, our centre had all referred screen positive individuals undergo confirmatory genetic testing with an expanded panel of 70 + 4 polymorphisms, occasionally identifying a second mutation of varying clinical consequence. If an individual had a second mutation identified on our panel, prospective follow-up was offered. Objectives The aim of the study is to evaluate the utility of our expanded panel and subsequent identification of individuals with possible CFTR dysfunction. Design/Methods We conducted a retrospective descriptive analysis of our database of screen positive individuals, focusing on the subset who had a second mutation identified through expanded panel and whom we have offered clinical follow-up for 12 years. Results From 2008 to 2020, 718 screen positive individuals were referred to our CF Canada-accredited centre. 566 had one mutation identified by NSO. 94 of these had a second mutation identified on expanded panel. Of these, 13 had a sweat chloride between 30-60 mmol/L and 7 had a positive sweat test. Of those with borderline or negative sweats, 9 individuals continued to be followed. Two have converted to positive sweats, with 1 of these individuals requiring antibiotics for pulmonary exacerbations and the other remaining asymptomatic. Another 2 individuals are trending toward positive sweats (> 50 mmol/L). All spirometry values (FEV1, FVC) have been normal to date, and none have grown Pseudomonas aeruginosa. Conclusion Use of a confirmatory expanded panel identified a second mutation in 94 newborns referred with a positive screen. Offering follow-up has allowed us to monitor clinical progression, including conversion to positive sweats in 2 individuals. While spirometry and cultures have been unremarkable, more sensitive measures such as lung clearance index could be considered for future study. As of 2020, NSO moved to the use of extended sequencing and analysis of this change is ongoing.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».