Tenacibaculum ovolyticum 16S rDNA Quantitative-PCR Assay Development and Field Testing
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
In British Columbia (BC; Canada) Atlantic salmon (Salmo salar L.) production, Tenacibaculum members are associated with ‘mouthrot’ and disease identification is based on gross observation and clinical data. Genomic similarities (i.e., putative virulence factors) between T. ovolyticum and other better-characterized agents of mouthrot could imply potential pathogenicity. While T. ovolyticum has not been directly linked to salmon mortality events in BC, it has been isolated from diseased marine fish. To investigate T. ovolyticum’s pathogenicity in situ, a T. ovolyticum 16S rDNA qPCR assay targeting a ~155 bp amplicon was developed. The assay was used to screen 67 biotic and 33 abiotic samples collected from a BC Atlantic salmon (Salmo salar L.) net-pen site before, during, and after a mouthrot outbreak. The assay was specific, quantifiable and detectable for T. ovolyticum over 6-log and 8-log units, respectively. However, cycle quotients differed between the BC isolate and type strain of T. ovolyticum, suggesting that qualitative use of the qPCR assay in field samples would be more accurate. Only two out of 100 samples were T. ovolyticum-positive, indicating limited involvement in this particular outbreak. However, the ecological role of T. ovolyticum and its involvement in the pathogenesis of other mouthrot outbreaks in Atlantic salmon is unknown.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle