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Enregistrement W4307906044 · doi:10.1016/j.annepidem.2022.10.014

Design and methodological considerations for biomarker discovery and validation in the Integrative Analysis of Lung Cancer Etiology and Risk (INTEGRAL) Program

2022· article· en· W4307906044 sur OpenAlex
Hilary A. Robbins, Karine Alcala, Elham Khodayari Moez, Florence Guida, Sera Thomas, Hana Zahed, Matthew T. Warkentin, Karl Smith‐Byrne, Yonathan Brhane, David C. Muller, Xiaoshuang Feng, Demetrius Albanes, Melinda C. Aldrich, Alan A. Arslan, Julie K. Bassett, Christine D. Berg, Qiuyin Cai, Chu Chen, Michael P.A. Davies, Brenda Diergaarde, John K. Field, Neal D. Freedman, Wen‐Yi Huang, Mikael Johansson, Michael E. Jones, Woon‐Puay Koh, Stephen Lam, Qing Lan, Arnulf Langhammer, Linda M. Liao, Geoffrey Liu, Reza Malekzadeh, Roger L. Milne, Luis M. Montuenga, Thomas E. Rohan, Howard D. Sesso, Gianluca Severi, Mahdi Sheikh, Rashmi Sinha, Xiao‐Ou Shu, Victoria L. Stevens, Martin C. Tammemägi, Lesley F. Tinker, Kala Visvanathan, Ying Wang, Renwei Wang, Stephanie J. Weinstein, Emily White, David O. Wilson, Jian‐Min Yuan, Xuehong Zhang, Wei Zheng, Christopher I. Amos, Paul Brennan, Mattias Johansson

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueAnnals of Epidemiology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLung Cancer Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensPublic Health OntarioBrock UniversityPrincess Margaret Cancer CentreBC Cancer AgencyUniversity of TorontoLunenfeld-Tanenbaum Research Institute
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteInstituto de Salud Carlos IIICenters for Disease Control and PreventionCancer Research Foundation in Northern SwedenNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesCanada Research ChairsState of MarylandBristol-Myers SquibbCanadian Institutes of Health ResearchAmerican Institute for Cancer ResearchLung Cancer Research FoundationNational Eye InstituteNational Institute on AgingCentre International de Recherche sur le CancerEuropean Regional Development FundWorld Health OrganizationInstitut National Du CancerCancer Research UK
Mots-clésMedicineBiomarkerMalignancyLung cancerNodule (geology)EtiologyOncologyCohortCancerInternal medicineCohort studyProspective cohort studyPathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Integrative Analysis of Lung Cancer Etiology and Risk (INTEGRAL) program is an NCI-funded initiative with an objective to develop tools to optimize low-dose CT (LDCT) lung cancer screening. Here, we describe the rationale and design for the Risk Biomarker and Nodule Malignancy projects within INTEGRAL. The overarching goal of these projects is to systematically investigate circulating protein markers to include on a panel for use (i) pre-LDCT, to identify people likely to benefit from screening, and (ii) post-LDCT, to differentiate benign versus malignant nodules. To identify informative proteins, the Risk Biomarker project measured 1161 proteins in a nested-case control study within 2 prospective cohorts (n = 252 lung cancer cases and 252 controls) and replicated associations for a subset of proteins in 4 cohorts (n = 479 cases and 479 controls). Eligible participants had a current or former history of smoking and cases were diagnosed up to 3 years following blood draw. The Nodule Malignancy project measured 1078 proteins among participants with a heavy smoking history within four LDCT screening studies (n = 425 cases diagnosed up to 5 years following blood draw, 430 benign-nodule controls, and 398 nodule-free controls). The INTEGRAL panel will enable absolute quantification of 21 proteins. We will evaluate its performance in the Risk Biomarker project using a case-cohort study including 14 cohorts (n = 1696 cases and 2926 subcohort representatives), and in the Nodule Malignancy project within five LDCT screening studies (n = 675 cases, 680 benign-nodule controls, and 648 nodule-free controls). Future progress to advance lung cancer early detection biomarkers will require carefully designed validation, translational, and comparative studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,018
Score d'incertitude au seuil0,489

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,362
Tête enseignante GPT0,520
Écart entre enseignants0,158 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle