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Enregistrement W4308645686 · doi:10.1101/2022.11.08.515615

Rapid iPSC inclusionopathy models shed light on formation, consequence and molecular subtype of α-synuclein inclusions

2022· preprint· en· W4308645686 sur OpenAlexaff
Isabel Lam, Alain Ndayisaba, Amanda J. Lewis, YuHong Fu, Giselle T. Sagredo, Ludovica Zaccagnini, Jackson Sandoe, Ricardo L. Sanz, Aazam Vahdatshoar, Timothy D. Martin, Nader Morshed, Toru Ichihashi, Arati Tripathi, Nagendran Ramalingam, Charlotte Oettgen-Suazo, Theresa Bartels, Max Schäbinger, Erinc Hallacli, Xin Jiang, Amrita Verma, Challana Tea, Zichen Wang, Hiroyuki Hakozaki, Xiao Yu, Kelly Hyles, Chansaem Park, Thorold W. Theunissen, Haoyi Wang, Rudolf Jaenisch, Susan Lindquist, Beth Stevens, Nadia Stefanova, Gregor K. Wenning, Kelvin C. Luk, Rosario Sánchez‐Pernaute, Juan Carlos Gómez‐Esteban, Daniel Felsky, Yasujiro Kiyota, Nidhi Sahni, S. Stephen Yi, Chee-Yeun Chung, Henning Stahlberg, Isidró Ferrer, Johannes Schöneberg, Stephen J. Elledge, Ulf Dettmer, Glenda M. Halliday, Tim Bartels, Vikram Khurana

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueParkinson's Disease Mechanisms and Treatments
Établissements canadiensUniversity of TorontoCentre for Addiction and Mental Health
Organismes subventionnairesStanley Center for Psychiatric Research, Broad InstituteBrigham Research InstituteNational Institutes of HealthDeutscher Akademischer AustauschdienstMultiple System Atrophy CoalitionAmerican Parkinson Disease AssociationNew York Stem Cell FoundationPharmaceutical Research and Manufacturers of America Foundation
Mots-clésNeurodegenerationBiologyTransgeneIntracellularInclusion bodiesNeuroscienceCell biologyComputational biologyDiseaseGeneGeneticsPathologyMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Intracellular inclusions accompanying neurodegeneration are histopathologically and ultrastructurally heterogeneous but the significance of this heterogeneity is unclear. iPSC models, while promising for disease modeling, do not form inclusions in a reasonable timeframe and suffer from limited tractability. Here, we developed an iPSC toolbox utilizing piggyBac-based or targeted transgenes to rapidly induce CNS cells with concomitant expression of aggregation-prone proteins. This system is amenable to screening and longitudinal tracking at single-cell and single-inclusion resolution. For proof-of-principle, cortical neuron α-synuclein “inclusionopathy” models were engineered to form inclusions through exogenous seeding or α-synuclein mutation. These models recapitulated known fibril- and lipid-rich inclusion subtypes, uncovering dynamic interactions between them, and refined the classification of inclusions in postmortem brain. Genetic-modifier and protein-interaction screens pinpointed proteins like RhoA whose sequestration into specific inclusion subtypes is likely to be toxic. This iPSC platform should enhance our understanding of proteinaceous pathologies in neurodegeneration and facilitate therapeutics development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,232
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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