Wintering molecular changes in the brain of Calidris pusilla at lower latitude
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Migrant birds prepare differently to fly north for breeding in spring and for the flight to lower latitudes during autumn avoiding the cold and food shortages of the north hemisphere's harsh winter. The molecular events associated with these fundamental stages in the life history of migrants include the differential gene expression in different tissues. Semipalmated sandpipers (Calidris pusilla) are Artic breeding shorebirds that migrate to the coast of South America during non-breeding season. Thus, the adaptive molecular changes in the brain of these birds at lower latitudes have not yet been investigated in detail. Results: Here, we searched for differential gene expression in the brain of semipalmated sandpiper, of recent arrived birds (RA) from autumnal migration and that of individuals in the premigratory period (PM) in the spring. All individuals were collected in the tropical coastal of northern Brazil. We generated a De novo neurotranscriptome for C. pusilla individuals and compared gene expression across libraries for neurotranscriptome. To that end we mapped RNA-seq reads to the C. pusilla neurotranscriptome in a total of 4 brain samples each group. A total of 266,414 transcripts were reconstructed that yielded 615 differentially expressed genes in the brain of both groups. Conclusions: The present report revealed a remarkable differential gene expression in the brain of recently arrived and premigratory individuals. It also revealed molecular brain changes associated with the recovering of the 4 to 5 days long-distance uninterrupted flight across Atlantic Ocean and preparation for the long-distance multiple stopover spring migration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».