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Enregistrement W4311025052 · doi:10.1038/s41467-022-34732-5

Genome-wide association study of REM sleep behavior disorder identifies polygenic risk and brain expression effects

2022· article· en· W4311025052 sur OpenAlexafffund
Lynne Krohn, Karl Heilbron, Cornelis Blauwendraat, Regina H. Reynolds, Eric Yu, Konstantin Senkevich, Uladzislau Rudakou, Mehrdad A. Estiar, Emil K. Gustavsson, Kajsa Brolin, Jennifer A. Ruskey, Kathryn Freeman, Farnaz Asayesh, Ruth Chia, Isabelle Arnulf, Jacques Montplaisir, Jean‐François Gagnon, Alex Désautels, Yves Dauvilliers, Gian Luigi Gigli, Mariarosaria Valente, Francesco Janes, Andrea Bernardini, Birgit Högl, Ambra Stefani, Abubaker Ibrahim, Karel Šonka, David Kemlink, Wolfgang H. Oertel, Annette Janzen, Giuseppe Plazzi, Francesco Biscarini, Elena Antelmi, Michela Figorilli, Monica Puligheddu, Brit Mollenhauer, Claudia Trenkwalder, Friederike Sixel‐Döring, Valérie Cochen De Cock, Christelle Monaca, Anna Heidbreder, Luigi Ferini‐Strambi, Femke Dijkstra, Mineke Viaene, Beatriz Abril, Bradley F. Boeve, Stella Aslibekyan, Adam Auton, Elizabeth Babalola, Robert K. Bell, Jessica Bielenberg, Katarzyna Bryc, Emily Bullis, Daniella Coker, Gabriel Cuéllar-Partida, Devika Dhamija, Sayantan Das, Sarah L. Elson, Teresa Filshtein, Kipper Fletez‐Brant, Pierre Fontanillas, Will Freyman, Pooja Gandhi, Barry Hicks, David A. Hinds, Ethan M. Jewett, Yunxuan Jiang, Katelyn Kukar, Keng‐Han Lin, Maya Lowe, Jey C. McCreight, Matthew H. McIntyre, Steven J. Micheletti, Meghan E. Moreno, Joanna L. Mountain, Priyanka Nandakumar, Elizabeth S. Noblin, Jared O’Connell, Aaron A. Petrakovitz, G. David Poznik, Morgan Schumacher, Anjali J. Shastri, Janie F. Shelton, Jingchunzi Shi, Suyash Shringarpure, Vinh Tran, Joyce Y. Tung, Xin Wang, Wei Wang, Catherine H. Weldon, Peter Wilton, Alejandro Hernandez, Corinna Wong, Christophe Toukam Tchakouté, Sonja W. Scholz, Mina Ryten, Sara Bandrés‐Ciga, Alastair J. Noyce, Paul Cannon, Lasse Pihlstrøm, Mike A. Nalls, Andrew Singleton, Guy A. Rouleau, Ronald B. Postuma, Ziv Gan‐Or

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueParkinson's Disease Mechanisms and Treatments
Établissements canadiensUniversité du Québec à MontréalUniversité de MontréalMcGill Genome CentreHôpital du Sacré-Cœur de MontréalMcGill UniversityCanadian Sleep & Circadian NetworkMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMedical Research CouncilFonds de Recherche du Québec-Société et CultureU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthCanada First Research Excellence FundParkinson CanadaParkinson's UKBarts CharityNational Institute on AgingConsortium canadien en neurodégénérescence associée au vieillissementWellcome TrustMcGill UniversityMichael J. Fox Foundation for Parkinson's ResearchFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésGenome-wide association studyBiologyNeuroscienceGenetic architecturePolygenic risk scoreSynucleinopathiesGenetic associationSleep (system call)GeneticsBioinformaticsMedicineGeneSingle-nucleotide polymorphismAlpha-synucleinPhenotypeGenotypeDiseaseInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Rapid-eye movement (REM) sleep behavior disorder (RBD), enactment of dreams during REM sleep, is an early clinical symptom of alpha-synucleinopathies and defines a more severe subtype. The genetic background of RBD and its underlying mechanisms are not well understood. Here, we perform a genome-wide association study of RBD, identifying five RBD risk loci near SNCA, GBA, TMEM175, INPP5F, and SCARB2. Expression analyses highlight SNCA-AS1 and potentially SCARB2 differential expression in different brain regions in RBD, with SNCA-AS1 further supported by colocalization analyses. Polygenic risk score, pathway analysis, and genetic correlations provide further insights into RBD genetics, highlighting RBD as a unique alpha-synucleinopathy subpopulation that will allow future early intervention.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations92
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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