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Enregistrement W4311344391 · doi:10.1099/acmi.0.000539.v1

Misidentification of Cutibacterium acnes as Atopobium vaginae during routine bacterial screening of platelet concentrates using the VITEK 2 system

2022· preprint· en· W4311344391 sur OpenAlexaff
Dilini Kumaran, Carmelie Laflamme, Sandra Ramírez‐Arcos

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Identification and Susceptibility Testing
Établissements canadiensCanadian Blood ServicesUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMicrobiologyBiologyBacterial vaginosisBacteriaGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Skin flora bacteria, such as Cutibacterium acnes, are the predominant contaminants of blood products used for transfusion. Platelet concentrates (PCs), a therapeutic product used to treat patients with platelet deficiencies, are stored at ambient temperature under agitation, providing ideal conditions for bacterial proliferation. PCs are screened for microbial contamination using the automated BACT/ALERT culture system. Positive cultures are processed and contaminating organisms are identified using the VITEK 2 system. Over a period of approximately 2 years, several PC isolates were identified as Atopobium vaginae to a high level of confidence. However, since A. vaginae is associated with bacterial vaginosis and is not a common PC contaminant, a retrospective investigation revealed that in all cases Cutibacterium acnes, a common PC contaminant was misidentified as A. vaginae. Our investigation revealed that the media type used to grow PC bacterial isolates can have a significant impact on the results obtained on the VITEK 2 system. Our findings support the use of macroscopic, microscopic, and other biochemical analyses to confirm the identity of unexpected species identified by the VITEK 2 system during bacterial screening of blood products.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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