1074. Surveillance of SARS-CoV-2 variants of concern (VOC) in hospital wastewater (WW) and its correlation with hospitalized cases of COVID-19 and the occurrence of outbreaks
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background WW surveillance enables real time monitoring of SARS-CoV-2 burden in defined sewer catchment areas. Here, we assessed the occurrence of total, Delta and Omicron SARS-CoV-2 RNA in sewage from three tertiary-care hospitals in Calgary, Canada. Methods Nucleic acid was extracted from hospital (H) WW using the 4S-silica column method. H-1 and H-2 were assessed via a single autosampler whereas H-3 required three separate monitoring devices (a-c). SARS-CoV-2 RNA was quantified using two RT-qPCR approaches targeting the nucleocapsid gene; N1 and N200 assays, and the R203K/G204R and R203M mutations. Assays were positive if Cq< 40. Cross-correlation function analyses (CCF) was performed to determine the time-lagged relationships between WW signal and clinical cases. SARS-CoV-2 RNA abundance was compared to total hospitalized cases, nosocomial-acquired cases, and outbreaks. Statistical analyses were conducted using R. Results Ninety-six percent (188/196) of WW samples collected between Aug/21-Jan/22 were positive for SARS-CoV-2. Omicron rapidly supplanted Delta by mid-December and this correlated with lack of Delta-associated H-transmissions during a period of frequent outbreaks. The CCF analysis showed a positive autocorrelation between the RNA concentration and total cases, where the most dominant cross correlations occurred between -3 and 0 lags (weeks) (Cross-correlation values: 0.75, 0.579, 0.608, 0.528 and 0.746 for H-1, H-2, H-3a, H-3b and H-3c; respectively). VOC-specific assessments showed this positive association only to hold true for Omicron across all hospitals (cross-correlation occurred at lags -2 and 0, CFF value range between 0.648 -0.984). We observed a significant difference in median copies/ml SARS-CoV-2 N-1 between outbreak-free periods vs outbreaks for H-1 (46 [IQR: 11-150] vs 742 [IQR: 162-1176], P< 0.0001), H-2 (24 [IQR: 6-167] vs 214 [IQR: 57-560], P=0.009) and H-3c (2.32 [IQR: 0-19] vs 129 [IQR: 14-274], P=0.001). Conclusion WW surveillance is a powerful tool for early detection and monitoring of circulating SARS-CoV-2 VOCs. Total SARS-CoV-2 and VOC-specific WW signal correlated with hospitalized prevalent cases of COVID-19 and outbreak occurrence. Disclosures All Authors: No reported disclosures.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».