Genomic Confirmation of <i>Borrelia garinii</i>, United States
Notice bibliographique
Résumé
L yme disease is a multisystem disorder caused by infection with bacteria of the Borrelia burgdorferi sensu lato species complex.Three members of this complex, B. burgdorferi sensu stricto, B. garinii, and B. afzelii, are responsible for most cases of Lyme disease worldwide (1,2).B. burgdorferi s.l. is the only one of these 3 species that is found widely in North America, although B. garinii has been identified on islands off the coast of Newfoundland and Labrador, Canada (3-5).We describe the isolation and genome sequencing characterization of a South Carolina B. garinii isolate from a repository of strains from rodent hosts and tick vectors in the southeastern United States that had been identified as B. burgdorferi s.l.A second B. garinii isolate from the same B. burgdorferi s.l.strain repository was identified on the basis of multilocus sequence typing (MLST).Phylogenetic analysis showed that these 2 strains from the southeastern United States were most closely related to a group of B. garinii isolates from Europe but were not derived from strains from Canada, or vice versa (3). Methods Sources, Cultivation, and Analyses of Borrelia spp.The 2 Borrelia isolates described were isolated from ear biopsy specimens from a cotton mouse (Peromyscus gossypinus) (SCCH-7) trapped in Charleston County, South Carolina, in 1995 and from an eastern woodrat (Neotoma floridana) (SCGH-19) trapped in Georgetown County, South Carolina, in 1996 (Appendix, https://wwwnc.cdc.gov/EID/article/29/1/22-0930-App1.pdf)(6).We performed Borrelia culture in Barbour-Stoenner-Kelly H medium, DNA purification, and PCR analyses as described (7).We detected B. burgdorferi s.l. in samples by amplification of the 5S-23S intergenic region (8) (Appendix) by using species-specific PCR and primers designed on the basis of the ospA gene, which confirmed the presence of multiple spirochete species (9).Cultures in which B. garinii was confirmed were plated on solid medium, and clonal single colonies were isolated according to a modified protocol (10) (Appendix). Whole-Genome Sequencing and Genome AssemblyWe performed whole-genome sequencing by using the Pacific Biosciences Sequel II system (https:// www.pacb.com).We performed genome assembly by using the Genome Assembly tool in PacBio SMRTLink version 10.2 and 150 Mb of the HiFi reads >5 kb (Appendix).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».