Organization of bovine lambda light chain genes on chromosome 17 (43.14)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Twenty five Vλ genes, seventeen being functional Vλ, corresponding to the three Vλ gene families were identified upon complete characterization and physical mapping of bovine λ-light chain locus on chromosome 17. The bovine λ-light chain locus spans 412 kbp where the Vλgenes are located 23.7 kbp 5’ of four Jλ-Cλ units. The Vλgenes are organized in three subclusters separated by two large introns (126.8 and 138.3 kbp). The predominantly expressed Vλ1 genes are present in the two 5’ sub-clusters, while most Jλ-proximal Vλ sub-cluster comprises rarely expressed Vλ2 and Vλ3 genes. The Jλ3-Cλ3 unit was found predominantly expressed, though Jλ2 and Jλ3 have identical recombination signal sequences (RSS). The Cλ1 and Cλ4 are pseudogenes and their Jλ-Cλ units are not expressed. Endogenous counter selection for Jλ2 encoded CDR3 and framework 4 regions are likely the cause for the predominant expression of Jλ3-Cλ3 genes over Jλ2-Cλ2. The preferential expression of Vλ1 genes in the bovine Immunoglobulin repertoire seems to be influenced by the composition of RSSs. Polymorphism at the λ-light chain locus is responsible for differences in the genomic complexity between Hereford and Holstein cattle. Despite more potential germline encoded combinatorial diversity, the λ-light chain repertoire in cattle is predominantly encoded by Vλ1- Jλ3-Cλ3 recombinations. (Supported by NSERC Canada)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».