Differentially expressed immune related genes in bovine neonatal development (VET1P.1114)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A thorough understanding of the developing bovine neonatal immune system is important for the development of novel vaccines and therapeutics, as well as to improve breeding practices and farm management, in order to increase the survival and productivity of calves. In this study blood samples were taken from neonates on day of birth before colostrum feed (day 0), and at 7, 14 and 28 days after birth. RNA was extracted from peripheral blood mononuclear cells present in the samples and processed for next generation sequencing. An average of 27 million 151bp reads per sample was generated, and global analysis of the whole transcriptome was performed, based on Hereford cow genome assembly UMD3.1. Differential expression analysis (DE) of immune response related genes were performed at each time point, as well as gene-set enrichment analysis to identify DE genes in immune related pathways comparing day 0 and 7. The analysis identified several immune response related functional coherent DE gene-sets, for example: immune response, defense response, regulation of defense response, cytokine production, and response to cytokine. Within these clusters, the genes with significantly altered expression rates (False Discovery Rate FDR<0.05) and logFC>1 or logFC<-1) were identified. These studies will help to elucidate the mechanisms that are important in bovine neonatal immune development, which will contribute to the development of targeted strategies for disease prevention.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».