CpG methylation in the TGFB1 and IL-6 gene promoters serve as surrogate biomarkers for diagnosis of IBD in children
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Crohn’s disease (CD) and ulcerative colitis (UC) are recurrent, chronic forms of inflammatory bowel diseases (IBD), the diagnosis of which can entail long delays. The delays can lead to disease presentation with complications and high morbidity. Therefore, better diagnostic markers for IBD are required. We investigated whether methylation marks in the TGFB1 and IL-6 gene promoters could be of diagnostic utility in IBD. To this end, we conducted a case-control study using peripheral blood DNA samples from 67 CD and 37 UC pediatric patients, and from 43 age-matched healthy controls. The patients were recruited from three pediatric gastroenterology clinics across Canada. The DNA samples were processed to identify methylation sites (CpG) across the promoter regions of the TGFB1 and IL-6 genes using the Sequenom technology. After implementing quality control measures, and initial non-parametric univariate (Man-Whitney U test) analyses, multivariate logistic regression analyses was carried out to identify models with the best fit (Akaike Information Criteria) and the greatest discriminatory capabilities (Area Under the Receiver Operating Curve). Logistic regression analysis showed that a model comprising 14 TGFB1 CpG sites had high discriminatory ability to separate CD from controls (AUC=0.94). Similarly, a logistic model comprising 9 CpG sites in the TGFB1 gene had near perfect ability to discriminate between UC and controls (AUC=0.99). A logistic model comprising three CpG sites in the TGFB1 gene had moderate ability (AUC=0.81) to discriminate between CD and UC. In conclusion, CpG methylation in the TGFB1 gene promoter has high discriminative power for identifying CD and UC, and could serve as an important diagnostic markers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».