Differential regulatory mechanisms underlie the control of Vγ4 and Vγ6 γδT17 development by HEB transcription factors
Notice bibliographique
Résumé
Abstract IL-17-producing γδ T-cells (γδT17) are critical components of the innate immune system, but the pathways that control their development are not well understood. We have previously shown that HEB transcription factors operate upstream of Sox4 and Sox13 to initiate the γδT17 program. However, the defects in fetal Vγ4+ γδT17 cells appear to be distinct from those in the Vγ6+ γδT17 cells. In the absence of HEB, fetal Vγ4+ γδT17 cells are unable to develop, whereas Vγ6+ γδT17 cells develop but are not able to produce IL-17. To further understand the molecular mechanisms that underlie these defects, we performed single cell RNA-seq on E18.5 γδTCR+ cells from WT and HEB-deficient mice, and did differential gene expression analysis on clusters expressing Vγ5, Vγ6, or Vγ4 mRNA. Our analysis revealed that in addition to Sox4 and Sox13, an entire suite of genes associated with the development and function of γδT17 cells was downregulated in HEB-deficient cells. Furthermore, Vδ4, which is normally restricted to cells expressing Vγ6 or Vγ5, was expressed at high levels in nearly all clusters, whereas the levels of Vγ4 and Vδ5 mRNA were severely decreased. These results suggest that direct control of Vγ and Vδ chain mRNA expression underlie the defect in Vγ4+ cell development, whereas Vγ6+ cells require a direct input from HEB into the gene program controlling γδT17 differentiation even in the presence of proper γδTCR pairing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».