Mechanisms of T follicular helper (Tfh) impairment in chronic HIV infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Human immunodeficiency virus (HIV) infects millions of people worldwide. In secondary lymphoid organs, site where the anti-HIV immune response is mounted, the virus has been shown to induce a predominant dysregulation and disturbance of the microvenvironment. Previous work in our laboratory has identified the lack of protective anti-HIV antibodies in patients to be due, at least in part, to an inadequate T follicular helper (Tfh) cell help to germinal center (GC) B cells in draining lymph nodes through impaired PD-1/PD-L1 interactions. Since the mechanism of this impairment is not yet fully elucidated, we have used our co-culture assay followed by a unique gene array analysis to screen for key molecular pathways that could be accountable for the difference between helper programs in Tfh cells of HIV positive and negative individuals. The major driver of gene profile clustering was observed within Tfh proliferation programs as well as infection status. Gene set enrichment analysis included repair mechanisms, cell cycle regulation, metabolism, signal transduction and co-stimulation in the top 10 enriched pathways. Careful examination of gene fold changes in proliferating vs non-proliferating Tfh cells between healthy and HIV individuals showed a decrease with HIV, in immune regulatory gene expression such as the transcription factor c-maf and its mediators, responsible for Tfh differentiation, development, survival and performance. Investigating this pathway would contribute to a better understanding of the HIV-mediated dysregulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».