Ezrin promotes antigen receptor diversity during B cell development by supporting immunoglobulin heavy chain variable gene recombination
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genome-level rearrangements of immunoglobulin genes during B cell development are critical for generation of a diverse repertoire of B cell antigen receptors (BCRs) that bind to a multitude of foreign antigens and some self-antigens. Bone marrow B cell development involves a variety of cell-cell interactions, cell migration and receptor signaling that likely benefit from the activity of membrane-cytoskeletal reorganizing proteins. However, the specific contribution of such proteins towards BCR repertoire diversification is poorly understood. Ezrin is a membrane-cytoskeletal linker protein that regulates mature B cell activation through spatial organization of the BCR. We employed next generation sequencing to investigate if Ezrin plays a role in immunoglobulin heavy chain rearrangements and generation of BCR diversity in developing bone marrow B cells. BCR repertoire development occurred stochastically in B cell progenitors from both control and B cell conditional Ezrin-deficient mice. However, the loss of Ezrin resulted in fewer unique CDR3s in the BCRs and reduced Shannon entropy. Ezrin-deficient pro-, pre- and immature B cells utilized similar number of joining (J) genes but significantly fewer variable (V) genes, thereby decreasing V-J combinatorial diversity. V-J junctional diversity, measured by CDR3 length, nucleotide additions and deletions, was also altered in Ezrin-deficient pro-, pre- and immature B cells. Mechanistically, Ezrin-deficient bone marrow B cells showed a marked decrease in RAG1 gene expression, indicating a less efficient DNA recombination machinery. Overall, our results demonstrate a novel role for Ezrin in shaping the BCR repertoire through combinatorial and junctional diversification. Supported by grants from NIH (R01 AR067705) to N.G.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».