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Enregistrement W4313472929 · doi:10.3390/cancers15010305

Comparison of the Basal Cell Carcinoma (BCC) Tumour Microenvironment to Other Solid Malignancies

2023· article· en· W4313472929 sur OpenAlexafffund
Eliana-Ruobing Zhang, Sarah Ghezelbash, Pingxing Xie, Misha Fotovati, Ivan V. Litvinov, Philippe Lefrançois

Notice bibliographique

RevueCancers · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNonmelanoma Skin Cancer Studies
Établissements canadiensJewish General HospitalMcGill University
Organismes subventionnairesLady Davis Institute for Medical ResearchFonds de Recherche du Québec - SantéCompute CanadaFondation de l'Hôpital général juifJewish General HospitalTerry Fox Research InstituteWestern Canada Research Grid
Mots-clésBasal cell carcinomaSkin cancerCancer researchTumor microenvironmentMesenchymal stem cellCancerImmune systemClear-cell sarcomaMetastasisMelanomaRenal cell carcinomaMedicineCellImmunologyBiologyPathologyInternal medicineBasal cell

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Basal cell carcinoma (BCC) is the most common form of skin cancer, contributing to nearly a third of new cancer cases in Western countries. Most BCCs are considered low risk "routine" lesions that can either be excised through surgery or treated with chemotherapeutic agents. However, around 1-2% of BCC cases are locally aggressive, present a high risk of metastasis, and often develop chemoresistance, termed advanced BCC. There currently exists no animal model or cell line that can recapitulate advanced BCC, let alone intermediate-risk and high-risk early BCC. We previously found that aggressive BCC tumours presented a Th2 cytokine inflammation profile, mesenchymal stem cell properties, and macrophage-induced tumoral inflammation. In this study, we aimed to identify potential BCC "relatives" among solid-organ malignancies who present similar immune cell proportions in their microenvironment compositions. Using immune cell type deconvolution by CIBERSORTx, and cell type enrichment by xCell, we determined three cancers with the most similar tumour microenvironments as compared to BCC. Specifically, chromophobe renal cell carcinoma, sarcoma, and skin cutaneous melanoma presented significance in multiple cell types, namely in CD4+ T lymphocytes, gammadelta T lymphocytes, and NK cell populations. Consequently, further literature analysis was conducted to understand similarities between BCC and its "relatives", as well as investigating novel treatment targets. By identifying cancers most like BCC, we hope to propose prospective druggable pathways, as well as to gain insight on developing a reliable animal or cell line model to represent advanced BCC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,259
Score d'incertitude au seuil0,441

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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