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Enregistrement W4313825693 · doi:10.1016/j.celrep.2023.111998

Spike recognition and neutralization of SARS-CoV-2 Omicron subvariants elicited after the third dose of mRNA vaccine

2023· article· en· W4313825693 sur OpenAlexafffund
Alexandra Tauzin, Alexandre Nicolas, Shilei Ding, Mehdi Benlarbi, Halima Medjahed, Debashree Chatterjee, Katrina Dionne, Shang Yu Gong, Gabrielle Gendron‐Lepage, Yuxia Bo, Josée Perreault, Guillaume Goyette, Laurie Gokool, Pascale Arlotto, Chantal Morrisseau, Cécile Tremblay, Valérie Martel‐Laferrière, Gaston De Serres, Inès Levade, Daniel E. Kaufmann, Marceline Côté, Renée Bazin, Andrés Finzi

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensInstitut National de Santé Publique du QuébecHéma-QuébecUniversity of OttawaMcGill University Health CentreUniversité de MontréalMcGill UniversityCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéInstitute of Infection and ImmunityCanadian Institutes of Health ResearchMitacsFondation du CHUMCanada Foundation for InnovationCanada Research ChairsPfizerCooley's Anemia Foundation
Mots-clésNeutralizationVaccinationVirologySevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)ImmunologyHumoral immunityBiologyMessenger RNAImmunityAntibodyImmune systemCoronavirus disease 2019 (COVID-19)MedicineVirusGeneGeneticsDiseaseInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Several severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron subvariants have recently emerged, becoming the dominant circulating strains in many countries. These variants contain a large number of mutations in their spike glycoprotein, raising concerns about vaccine efficacy. In this study, we evaluate the ability of plasma from a cohort of individuals that received three doses of mRNA vaccine to recognize and neutralize these Omicron subvariant spikes. We observed that BA.4/5 and BQ.1.1 spikes are markedly less recognized and neutralized compared with the D614G and other Omicron subvariant spikes tested. Also, individuals who have been infected before or after vaccination present better humoral responses than SARS-CoV-2-naive vaccinated individuals, thus indicating that hybrid immunity generates better humoral responses against these subvariants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,035
Score d'incertitude au seuil0,382

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,054
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,272 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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