Analysis on SSR Loci in Transcriptome and Development of EST-SSR Molecular Markers in <i>Lonicera macranthoides</i>
Notice bibliographique
Résumé
Huizhanmao-rendong ( Lonicera macranthoides ), as a species of original plant of wild honeysuckle flower ( Flos Lonicerae ), the traditional Chinese medicine, is widely distributed in South China and features high medicinal and economic value. In this study, the SSR loci of 74 057 unigenes in the transcriptome of L . macranthoides were analyzed by MISA. Among them, 15 587 unigenes contained 20 161 SSR loci, and the frequency of SSR was 21.05%. The types of SSR sites in the transcriptome of L . macranthoides were distributed from single nucleotide to six nucleotide repeats. The main repeats were dinucleotide (9 704) and trinucleotide (5 847), accounting for 48.13 % and 29.00 % of the total SSRs, respectively. The main repeat units were AG/CT (6 086), AT/AT (3 071) and A/T (2 826), accounting for 30.79%, 15.23%, and 14.02% of the total SSRs, respectively. There were 4 897 and 3 531 repeats (the numbers of repeats were the most) in 6 and 5 SSR loci, accounting for 24.29 % and 17.51 % of the total SSR number, respectively. By using primer 6.0 software, 17 611 pairs of SSR primers were designed, and 30 pairs of primers were randomly selected for amplification verification. Among them, 14 pairs of amplified bands showed polymorphism, and then the genetic diversity of 6 varieties of L . macranthoides was analyzed by using these 14 pairs of primers. The results will provide a scientific basis for species identification, genetic diversity analysis, and molecular marker-assisted breeding of L . macranthoides .
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».