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Enregistrement W4316464831 · doi:10.3390/genes14010216

Distinct Roles of Histone Lysine Demethylases and Methyltransferases in Developmental Eye Disease

2023· article· en· W4316464831 sur OpenAlexaff
Linda M. Reis, Hüban Atilla, Pekka Kannus, Adele Schneider, Samuel Thompson, Tanya Bardakjian, Elena V. Semina

Notice bibliographique

RevueGenes · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Eye Institute
Mots-clésBiologyGeneticsHistone methyltransferaseMethyltransferaseEpigeneticsDemethylaseHistonePhenotypeHistone methylationGeneMethylationDNA methylationGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Histone lysine methyltransferase and demethylase enzymes play a central role in chromatin organization and gene expression through the dynamic regulation of histone lysine methylation. Consistent with this, genes encoding for histone lysine methyltransferases (KMTs) and demethylases (KDMs) are involved in complex human syndromes, termed congenital regulopathies. In this report, we present several lines of evidence for the involvement of these genes in developmental ocular phenotypes, suggesting that individuals with structural eye defects, especially when accompanied by craniofacial, neurodevelopmental and growth abnormalities, should be examined for possible variants in these genes. We identified nine heterozygous damaging genetic variants in KMT2D (5) and four other histone lysine methyltransferases/demethylases (KMT2C, SETD1A/KMT2F, KDM6A and KDM5C) in unrelated families affected with developmental eye disease, such as Peters anomaly, sclerocornea, Axenfeld-Rieger spectrum, microphthalmia and coloboma. Two families were clinically diagnosed with Axenfeld-Rieger syndrome and two were diagnosed with Peters plus-like syndrome; others received no specific diagnosis prior to genetic testing. All nine alleles were novel and five of them occurred de novo; five variants resulted in premature truncation, three were missense changes and one was an in-frame deletion/insertion; and seven variants were categorized as pathogenic or likely pathogenic and two were variants of uncertain significance. This study expands the phenotypic spectra associated with KMT and KDM factors and highlights the importance of genetic testing for correct clinical diagnosis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,201
Score d'incertitude au seuil0,395

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,299
Écart entre enseignants0,280 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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