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Enregistrement W4317497443 · doi:10.1101/2023.01.16.524331

Bridging Big Data: Procedures for Combining Non-equivalent Cognitive Measures from the ENIGMA Consortium

2023· preprint· en· W4317497443 sur OpenAlexaff
Eamonn Kennedy, Shashank Vadlamani, Hannah M. Lindsey, Pui‐Wa Lei, Mary Jo Pugh, Maheen M. Adamson, Martin Alda, Sílvia Alonso-Lana, Sonia Ambrogi, Tim Anderson, Celso Arango, Robert F. Asarnow, Mihai Avram, Rosa Ayesa‐Arriola, Talin Babikian, Nerisa Banaj, Laura Bird, Stefan Borgwardt, Amy Brodtmann, Katharina Brosch, Karen Caeyenberghs, Vince D. Calhoun, Nancy D. Chiaravalloti, David X. Cifu, Benedicto Crespo‐Facorro, John C. Dalrymple‐Alford, Kristen Dams-O’Connor, Udo Dannlowski, David Darby, Nicholas D. Davenport, John DeLuca, Covadonga M. Díaz‐Caneja, Seth G. Disner, Ekaterina Dobryakova, Stefan Ehrlich, Carrie Esopenko, Fabio Ferrarelli, Lea E. Frank, Carol E. Franz, Paola Fuentes‐Claramonte, Helen M. Genova, Christopher C. Giza, Janik Goltermann, Dominik Grotegerd, Marius Gruber, Alfonso Gutiérrez‐Zotes, Minji Ha, Jan Haavik, Charles H. Hinkin, Kristen R. Hoskinson, Daniela Hubl, Andrei Irimia, Andreas Jansen, Michael Kaess, Xiaojian Kang, Kimbra Kenney, Barbora Keřková, Mohamed Salah Khlif, Minah Kim, Jochen Kindler, Tilo Kircher, Karolína Knížková, Knut K. Kolskår, Denise Krch, William S. Kremen, Taylor Kuhn, Veena Kumari, Jun Soo Kwon, Sarah Laskowitz, Jungha Lee, Jean Lengenfelder, Spencer W. Liebel, Victoria Liou‐Johnson, Sara M. Lippa, Marianne Løvstad, Astri J. Lundervold, Cassandra Marotta, Craig A. Marquardt, Paulo Mattos, Ahmad Mayeli, Carrie R. McDonald, Susanne Meinert, Tracy R. Melzer, Jessica Merchán‐Naranjo, Chantal Michel, Rajendra A. Morey, Benson Mwangi, Daniel J. Myall, Igor Nenadić, Mary R. Newsome, Abraham Nunes, Terence J. O’Brien, Viola Oertel, John Ollinger, Alexander Olsen, Víctor Ortiz‐García de la Foz, Mustafa Ozmen, Heath Pardoe, Marise B. Parent, Fabrizio Piras, Federica Piras, Edith Pomarol‐Clotet, Jonathan Repple, Geneviève Richard, Jonathan Rodríguez, Mabel Rodríguez, Kelly Rootes-Murdy, Jared A. Rowland, Nicholas P. Ryan, Raymond Salvador, Anne‐Marthe Sanders, André Schmidt, Jair C. Soares, Gianfranco Spalleta, Filip Španiel, Alena Stasenko, Frederike Stein, Benjamin Straube, April D. Thames, Florian Thomas‐Odenthal, Sophia I. Thomopoulos, Erin B. Tone, Ivan J. Torres, Maya Troyanskaya, Jessica A. Turner, Kristine M. Ulrichsen, Guillermo E. Umpierrez, Elisabet Vilella, Lucy Vivash, William C. Walker, Emilio Werden, Lars T. Westlye, Krista Wild, Adrian Wroblewski, Mon‐Ju Wu, Glenn R. Wylie, Lakshmi N. Yatham, Giovana Zunta‐Soares, Paul M. Thompson, David F. Tate, Frank G. Hillary, Emily L. Dennis, Elisabeth A. Wilde

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensBC Mental Health & Substance Use ServicesUniversity of British ColumbiaDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHarmonizationCovariateRepresentativeness heuristicRaw dataComputer scienceBig dataReplication (statistics)Data scienceBayesian probabilitySample size determinationBayes' theoremEconometricsData miningStatisticsMachine learningArtificial intelligenceMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Investigators in neuroscience have turned to Big Data to address replication and reliability issues by increasing sample sizes, statistical power, and representativeness of data. These efforts unveil new questions about integrating data arising from distinct sources and instruments. We focus on the most frequently assessed cognitive domain - memory testing - and demonstrate a process for reliable data harmonization across three common measures. We aggregated global raw data from 53 studies totaling N = 10,505 individuals. A mega-analysis was conducted using empirical bayes harmonization to remove site effects, followed by linear models adjusting for common covariates. A continuous item response theory (IRT) model estimated each individual's latent verbal learning ability while accounting for item difficulties. Harmonization significantly reduced inter-site variance while preserving covariate effects, and our conversion tool is freely available online. This demonstrates that large-scale data sharing and harmonization initiatives can address reproducibility and integration challenges across the behavioral sciences.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,204
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,440
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,796
Score d'incertitude au seuil0,981

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,2040,440
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0040,004
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,009
Bibliométrie0,0250,025
Études des sciences et des technologies0,0040,006
Communication savante0,0150,010
Science ouverte0,0060,025
Intégrité de la recherche0,0030,008
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0290,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,127
Tête enseignante GPT0,286
Écart entre enseignants0,160 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
DomaineMéthodes
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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