Nipah Virus Exposure in Domestic and Peridomestic Animals Living in Human Outbreak Sites, Bangladesh, 2013–2015
Notice bibliographique
Résumé
H enipaviruses are batborne zoonoses that have caused fatal neurologic and respiratory disease outbreaks in humans, horses, and pigs.In Bangladesh, the Indian flying fox (Pteropus medius) is the known natural reservoir for Nipah virus (NiV).NiV causes annual outbreaks in humans in Bangladesh, where the primary mode of spillover is through consumption of date palm sap contaminated by P. medius bats (1); NiV infection is a particular concern for public health because of the high case-fatality ratio and the risk for person-to-person transmission (2).Domestic and peridomestic animals have been important intermediate hosts for zoonotic henipavirus transmission in outbreaks occurring in Australia, Malaysia, and the Philippines (3,4).One cross-sectional study suggested possible exposure of livestock to henipaviruses in Bangladesh (5).Three instances in which animal contact was associated with human NiV infections in Bangladesh have been reported(1,6,7), although little is known about the transmission mechanisms of henipaviruses into livestock and peridomestic animals in Bangladesh.Our study aimed to detect prior NiV infection among livestock and peridomestic animals living in proximity to humans with spillover cases and identify possible exposure pathways in Bangladesh. The StudyDuring January 2013-January 2015, a total of 6 confirmed human Nipah outbreaks were identified through the Nipah surveillance system in Bangladesh (Figure) (8).Once an index case-patient was identified, we identified the closest bat roosts to the case-patient's household and collected urine from underneath the roosts by using plastic tarps.We aliquoted roost urine in cryovials containing lysis buffer, stored them at cryogenic temperatures, and tested them for evidence of NiV RNA.We used extracted RNA from bat roost urine for detecting NiV by using a probe-based real-time reverse transcription PCR assay (9).Roosts were located from 150 m to 2 km from the human spillover index casepatient's household for all 6 outbreaks (Table 1).Ultimately, we sampled only 5 of the 6 roosts; 1 roost could not be sampled because of political unrest.We identified evidence of NiV RNA shedding in urine collected from 4 roosts.We defined a positive sample as one having >1 aliquot with a cycle threshold value <39.During October 2013-October 2015, at 4-9 months after onset in human case-patients, we revisited the villages surrounding each bat roost to test for evidence of infection among domestic animals (e.g., cattle and goats) and peridomestic animals (e.g., dogs, cats, rodents, and house shrews) living near the bat roosts; none of the villages had Nipah Virus Exposure in Domestic and Peridomestic Animals Living in Human OutbreakSites, Bangladesh, 2013-2015
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».