Enregistrement W4317951846 · doi:10.1038/s41586-022-05546-8

Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies

2023· review· en· W4317951846 sur OpenAlexafffund

Katherine M. Kennedy, Marcus C. de Goffau, María Elisa Pérez-Muñoz, Marie‐Claire Arrieta, Fredrik Bäckhed, Peer Bork, Thorsten Braun, Frederic D. Bushman, Joël Doré, Willem M. de Vos, Ashlee M. Earl, Jonathan A. Eisen, Michal A. Elovitz, Stephanie C. Ganal‐Vonarburg, Michael G. Gänzle, Wendy S. Garrett, Lindsay J. Hall, Mathias W. Hornef, Curtis Huttenhower, Liza Konnikova, Sarah Lebeer, Andrew J. Macpherson, Ruth C. Massey, Alice C. McHardy, Omry Koren, Trevor D. Lawley, Ruth E. Ley, Liam O’Mahony, Paul W. O’Toole, Eric G. Pamer, Julian Parkhill, Jeroen Raes, Thomas Rattei, Anne Salonen, Eran Segal, Nicola Segata, Fergus Shanahan, Deborah M. Sloboda, Gordon C. S. Smith, Harry Sokol, Tim D. Spector, Michael G. Surette, Gerald W. Tannock, Alan W. Walker, Moran Yassour, Jens Walter

Notice bibliographique

RevueNature · 2023

Typereview

Langueen

DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology

ThématiqueGut microbiota and health

Établissements canadiensUniversity of CalgaryUniversity of AlbertaMcMaster UniversityPopulation Health Research Institute

Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesMedical Research CouncilHorizon 2020 Framework ProgrammeBijzonder Onderzoeksfonds UGentDirectorate for Biological SciencesNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesCanada Research ChairsDeutsche ForschungsgemeinschaftKU LeuvenNational Institute of Nursing ResearchNational Institute for Health and Care ResearchVlaamse regeringEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNIHR Cambridge Biomedical Research CentreEuropean CommissionBroad InstituteWellcome TrustNational Cancer InstituteRural and Environment Science and Analytical Services DivisionScience Foundation Ireland

Mots-clésMicrobiomeHuman Microbiome ProjectBiologyMetagenomicsFetusMicrobial ecologyHuman microbiomePhysiologyEcologyEvolutionary biologyComputational biologyPregnancyBioinformaticsGeneticsBacteriaGene

DOI10.1038/s41586-022-05546-8

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003

score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004

Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated

Catégories candidatesMétarecherche

Catégories consensuellesaucune

DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune

Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune

GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse

Score de désaccord entre enseignants0,997

Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,003	0,004
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,001	0,000
Méta-épidémiologie (sens large)	0,002	0,001
Bibliométrie	0,002	0,001
Études des sciences et des technologies	0,000	0,002
Communication savante	0,002	0,002
Science ouverte	0,001	0,001
Intégrité de la recherche	0,002	0,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,002	0,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036

Tête enseignante GPT0,376

Écart entre enseignants0,340 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail

Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle