SODplex, a Series of Hierarchical Multiplexed Real-Time PCR Assays for the Detection and Lineage Identification of <i>Phytophthora ramorum</i>, the Causal Agent of Sudden Oak Death and Sudden Larch Death
Notice bibliographique
Résumé
Since its emergence in the 1990s, the invasive pathogen Phytophthora ramorum has spread in Europe and the west coast of North America, causing sudden oak death in the United States and sudden larch death in the United Kingdom, resulting in the mortality or destruction of millions of trees. Due to its invasive nature, its damage potential, its wide host range, and its ability to disseminate via the plant trade, P. ramorum has been placed on quarantine lists worldwide. Rapid and reliable detection of the pathogen and identification of its lineages are crucial to limit spread and inform mitigation and eradication efforts. SODplex, a suite of new multiplex real-time PCR tools, was developed to streamline the detection and identification of P. ramorum. It offers four multiplexed assays covering different use cases. SODplex-base combines primers and probes for the sensitive and accurate detection of Phytophthora spp. and P. ramorum. SODplex-ITS and SODplex-mito offer a single-step identification of P. ramorum and the EU1, NA1, and NA2 lineages present in the United States and Canada. SODplex-lin targets each of the four P. ramorum lineages present in Europe and North America in a single reaction. The assays have high levels of accuracy and are robust to the use of different instruments, different operators, and different temperatures. The redundancy within the assays reduces the likelihood of false negatives and false positives. The SODplex assays presented here improve the toolbox available for the detection of P. ramorum and its lineages. [Formula: see text] Copyright © 2023 The Author(s). This is an open access article distributed under the CC BY-NC-ND 4.0 International license .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».