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Enregistrement W4318987669 · doi:10.1016/j.cell.2022.12.038

Human IRF1 governs macrophagic IFN-γ immunity to mycobacteria

2023· article· en· W4318987669 sur OpenAlexafffund
Jérémie Rosain, Anna‐Lena Neehus, Jérémy Manry, Rui Yang, Jérémie Le Pen, Wassim Daher, Zhiyong Liu, Yi‐Hao Chan, Natalia Tahuil, Özden Türel, Mathieu Bourgey, Masato Ogishi, Jean‐Marc Doisne, Helena M. Izquierdo, Takayoshi Shirasaki, Tom Le Voyer, Antoine Guérin, Paul Bastard, Marcela Moncada‐Vélez, Ji Eun Han, Taushif Khan, Franck Rapaport, Seon-Hui Hong, Andrew Cheung, Kathrin Haake, Barbara C. Mindt, Laura Pérez, Quentin Philippot, Danyel Lee, Peng Zhang, Darawan Rinchai, Fatima Al Ali, Manar Ata, Mahbuba Rahman, Jessica N. Peel, Søren Heissel, Henrik Molina, Yasemin Kendir Demirkol, Rasheed Bailey, Shuxiang Zhao, Jonathan Bohlen, Mathieu Mancini, Yoann Seeleuthner, Marie Roelens, Lazaro Lorenzo, Camille Soudée, María Elvira Josefina Paz, María Laura González, Mohamed Jeljeli, Jean Soulier, Serge Romana, Anne-Sophie L’Honneur, Marie Materna, Rubén Martínez‐Barricarte, Mathieu Pochon, Carmen Oleaga‐Quintas, Alexandre Michev, Mélanie Migaud, Romain Lévy, Marie‐Alexandra Alyanakian, Flore Rozenberg, Carys A. Croft, Guillaume Vogt, Jean‐François Emile, Laurent Kremer, S. Cindy, Jörg H. Fritz, Stanley M. Lemon, András N. Spaan, Nicolas Manel, Laurent Abel, Margaret R. MacDonald, Stéphanie Boisson‐Dupuis, Nico Marr, Stuart G. Tangye, James P. Di Santo, Qian Zhang, Shen‐Ying Zhang, Charles M. Rice, Vivien Béziat, Nico Lachmann, David Langlais, Jean‐Laurent Casanova, Philippe Gros, Jacinta Bustamante

Notice bibliographique

RevueCell · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunodeficiency and Autoimmune Disorders
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill Genome CentreMcGill University Health CentreOntario Genomics
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteCenter for Mendelian Genomics, University of WashingtonQatar National Research FundFederal Aviation AdministrationNational Institutes of HealthNew South Wales GovernmentFondation Bettencourt SchuellerInstitut National de la Recherche AgronomiqueFonds National de la Recherche LuxembourgFonds de Recherche du Québec - SantéFondation Meyer pour le Développement Culturel et ArtistiqueInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleSidra MedicineInstitut des maladies génétiques ImagineNational Center for Research ResourcesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesAgence Nationale de la RechercheFisher Center for Alzheimer's Research FoundationAustralian GovernmentCompute CanadaNational Center for Advancing Translational SciencesCalgary FoundationDeutsche ForschungsgemeinschaftMcGill UniversityFondation du SouffleMeyer FoundationEuropean Molecular Biology OrganizationRockefeller UniversityEuropean CommissionSidactionImmune Deficiency FoundationJPB FoundationCanadian Institutes of Health ResearchInstitut CurieCenter for Clinical and Translational Science, University of Illinois at ChicagoHorizon 2020 Framework ProgrammeFondation pour la Recherche MédicaleFundación SénecaAgency for Science, Technology and ResearchYale UniversitySt. Giles FoundationNational Health and Medical Research CouncilSCOR Corporate Foundation for ScienceHonjo International Scholarship FoundationGlenn Foundation for Medical ResearchHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésBiologyImmunityIRF1ImmunologyVirologyImmune systemMicrobiologyTranscription factorGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Inborn errors of human IFN-γ-dependent macrophagic immunity underlie mycobacterial diseases, whereas inborn errors of IFN-α/β-dependent intrinsic immunity underlie viral diseases. Both types of IFNs induce the transcription factor IRF1. We describe unrelated children with inherited complete IRF1 deficiency and early-onset, multiple, life-threatening diseases caused by weakly virulent mycobacteria and related intramacrophagic pathogens. These children have no history of severe viral disease, despite exposure to many viruses, including SARS-CoV-2, which is life-threatening in individuals with impaired IFN-α/β immunity. In leukocytes or fibroblasts stimulated in vitro, IRF1-dependent responses to IFN-γ are, both quantitatively and qualitatively, much stronger than those to IFN-α/β. Moreover, IRF1-deficient mononuclear phagocytes do not control mycobacteria and related pathogens normally when stimulated with IFN-γ. By contrast, IFN-α/β-dependent intrinsic immunity to nine viruses, including SARS-CoV-2, is almost normal in IRF1-deficient fibroblasts. Human IRF1 is essential for IFN-γ-dependent macrophagic immunity to mycobacteria, but largely redundant for IFN-α/β-dependent antiviral immunity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,243
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations115
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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