Abstract WP223: Identification Of Cerebral Amyloid Angiopathy With A Leukocyte Gene Expression Profile
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Cerebral amyloid angiopathy (CAA) is a cerebral small vessel disease featuring beta-amyloid deposits within the cerebral vasculature. It is a major cause of cognitive decline and intracerebral hemorrhage in the elderly. This study evaluated whether gene expression profiles in peripheral blood can differentiate patients with CAA from vascular risk factor and healthy controls. Methods: In 27 patients with CAA blood cell gene expression was compared to 55 controls. Total RNA was isolated from PAXgene tubes and measured by RNA sequencing. Differentially expressed genes between CAA and controls were identified by ANOVA adjusting for age and sex. Functional pathway analysis identified pathways associated with CAA. A prediction model to distinguish CAA from controls was developed using linear discriminant analysis with feature selection by forward selection. Model performance was evaluated by 10-fold leave-one-out cross validation. Results: 686 differentially expressed genes were identified (p<0.05, fold change >|1.2|), of interest ADAM15, CAMK1D, CAP1 and TGFB1 . Canonical pathway analysis identified cell movement of phagocytes, activation of phagocytes, CREB, degranulation of leukocytes, immune response of cells, inflammatory response, and IL-23 signaling. A 24 gene panel differentiated patients with CAA from controls with >95% sensitivity and specificity. The identified genes reveal differences in immune system regulation in patients with CAA compared to vascular risk factor and healthy control patients. Differences identified include a potential shift in beta-amyloid uptake by phagocytes ( TGFB1, CREB, CAMK1D ), an increase in vascular extracellular matrix disruption ( ADAM15, CAP1 ), and a possible alteration in amyloid precursor processing ( BRI3BP, SORCS3 ). Conclusion: Differences in peripheral leukocyte gene expression are present in patients with CAA compared to control patients. These relate to differences in immune activation and signaling associated with CAA. The differences in blood cell gene expression shows promise to distinguish CAA from controls, though further evaluation in larger cohorts is required to further evaluate potential diagnostic utility of this gene expression profile.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».