Simple in-vitro single stranded linear and circular DNA preparation and validation via SELEX using phosphor-derived modifications
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Interest in preparation of single stranded circular DNA library has been increasing recently, therefore developing a simple and efficient method for circular DNA generation will be very useful for all procedures and techniques that are dependent on single stranded circular DNA preparation. In this study a new simple method for in vitro preparation of circular single stranded DNA is proposed. We hypothesized that using a phosphorylated-phosphorothioated primer would not affect the efficiency of PCR reactions, but, more importantly, would suppress the activity of Lambda Exonuclease enzyme even if it is phosphorylated. The produced phosphorylated single stranded DNA is ready to be circularized via a ligation reaction using a bridging oligonucleotide. Several optimizations and enhancements have been conducted in the ligation reaction, notably by embedding an extra thymine nucleotide at the ligation site to compensate for the additional adenosine nucleotide added by Taq during the PCR reaction. In addition, the performance of the proposed method has been validated by selecting linear and circular aptamers against MERS-CoV spike protein during 15 successive cycles of SELEX. Because this new method is simple and user-friendly, it has a potential to be automated for high-throughput purposes and may further stir growing interests in preparation of single stranded circular DNA and its applications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».