Genomic SELEX Reveals Pervasive Role of the Flagella Master Regulator FlhDC in Carbon Metabolism
Notice bibliographique
Résumé
Flagella are vital bacterial organs that allow microorganisms to move to favorable environments. However, their construction and operation consume a large amount of energy. The master regulator FlhDC mediates all flagellum-forming genes in E. coli through a transcriptional regulatory cascade, the details of which remain elusive. In this study, we attempted to uncover a direct set of target genes in vitro using gSELEX-chip screening to re-examine the role of FlhDC in the entire E. coli genome regulatory network. We identified novel target genes involved in the sugar utilization phosphotransferase system, sugar catabolic pathway of glycolysis, and other carbon source metabolic pathways in addition to the known flagella formation target genes. Examining FlhDC transcriptional regulation in vitro and in vivo and its effects on sugar consumption and cell growth suggested that FlhDC activates these new targets. Based on these results, we proposed that the flagella master transcriptional regulator FlhDC acts in the activation of a set of flagella-forming genes, sugar utilization, and carbon source catabolic pathways to provide coordinated regulation between flagella formation, operation and energy production.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».