Structural and biochemical characterization establishes a detailed understanding of KEAP1-CUL3 complex assembly
Notice bibliographique
Résumé
Abstract KEAP1 promotes the ubiquitin-dependent degradation of NRF2 by assembling into a CUL3-dependent ubiquitin ligase complex. Oxidative and electrophilic stress inhibit KEAP1 allowing NRF2 to accumulate for transactivation of stress response genes. To date there are no structures of the KEAP1-CUL3 interaction nor binding data to show the contributions of different domains to their binding affinity. We determined a crystal structure of the BTB and 3-box domains of human KEAP1 in complex with the CUL3 N-terminal domain that showed a heterotetrameric assembly with 2:2 stoichiometry. To support the structural data, we developed a versatile TR-FRET-based assay system to profile the binding of BTB-domain-containing proteins to CUL3 and determine the contribution of distinct protein features, revealing the importance of the CUL3 N-terminal extension for high affinity binding. We further provide direct evidence that the investigational drug CDDO does not disrupt the KEAP1-CUL3 interaction, even at high concentrations, but reduces the affinity of KEAP1-CUL3 binding. The TR-FRET-based assay system offers a generalizable platform for profiling this protein class and may form a suitable screening platform for ligands that disrupt these interactions by targeting the BTB or 3-box domains to block E3 ligase function. Graphical abstract Highlights A new crystal structure defines KEAP1 BTB and 3-box domain interactions with CUL3 KEAP1 and CUL3 form a heteromeric 2:2 complex with a K D value of 0.2 µM A generalizable TR-FRET platform enables multimodal profiling of BTB proteins The investigational drug CDDO is a partial antagonist of the KEAP1-CUL3 interaction
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».